[发明专利]用于检测SLC22A5基因九种高频致病变异的荧光定量PCR引物、探针及试剂盒

说明书

本发明公开了一种用于检测SLC22A5基因九种高频致病变异的荧光定量PCR引物、探针及试剂盒，所述试剂盒包括用于扩增SLC22A5基因八个高频致病变异位点（含九种变异）的引物、针对所述变异位点的MGB探针、DNA聚合酶、dNTPs、缓冲液体系及ROX参比荧光染料；所述引物的序列如SEQ ID NO.1‑16所示，所述MGB探针的序列如SEQ ID NO.17‑33所示。本发明的荧光定量PCR引物、探针及试剂盒，既可以使用人基因组DNA溶液作为模板，也可以使用未溶血的全血作为模板直接检测，适合在临床推广；采用本发明的试剂盒，能够在较短的时间内实现原发性肉碱缺乏症携带者与患者的筛查。

技术领域

本发明涉及基因检测技术领域，具体来说，涉及一种用于检测SLC22A5 基因九种高频致病变异的荧光定量PCR引物、探针及试剂盒。

背景技术

原发性肉碱缺乏症(Primary Carnitine Deficiency，简称PCD)是一种常染色体隐性遗传病，其临床特点为肉碱代谢出现异常。该病的致病基因为编码有机阳离子转运2型(OCTN2)的SLC22A5基因。

目前国内外对于原发性肉碱缺乏症筛查方法有全基因组Sanger测序、串联质谱、临床检查。其中全基因的测序费用过高，很难满足目前临床实际需求。

相比较而言，荧光PCR是针对遗传物质DNA/RNA进行检测的手段，准确度较高，但目前还没有专门针对SLC22A5基因九种高频致病变异的荧光定量PCR引物、探针和试剂盒。

发明内容

针对相关技术中的上述技术问题，本发明提出一种用于检测SLC22A5基因九种高频致病变异的荧光定量PCR引物、探针及试剂盒，能够克服现有技术的上述不足。

为实现上述技术目的，本发明的技术方案是这样实现的：

一种用于检测SLC22A5基因九种高频致病变异的荧光定量PCR引物和探针，包括用于扩增SLC22A5基因八个高频致病变异位点(含九种变异)的引物以及针对所述变异位点的MGB探针，所述引物的序列如SEQ ID NO.1-16 所示，所述MGB探针的序列如SEQ ID NO.17-33所示。

进一步地，所述探针的5'端均标记荧光基团，所述探针的3'端均标记MGB。

进一步地，所述荧光基团包括FAM、VIC、NED、CY5。

进一步地，所述SLC22A5基因九种高频致病变异为 NM_003060.3(SLC22A5):c.760CT、NM_003060.3(SLC22A5):c.428CT、 NM_003060.3(SLC22A5):c.338GA、NM_003060.3(SLC22A5):c.1195CT、 NM_003060.3(SLC22A5):c.51CG、NM_003060.3(SLC22A5):c.51AG、 NM_003060.3(SLC22A5):c.844CT、NM_003060.3(SLC22A5):c.797CT及 NM_003060.3(SLC22A5):c.1400CG。

根据本发明的另一方面，提供了一种用于检测SLC22A5基因九种高频致病变异的荧光定量PCR试剂盒，包括用于扩增SLC22A5基因八个高频致病变异位点的引物、针对所述变异位点的MGB探针、DNA聚合酶、dNTPs、缓冲液体系及ROX参比荧光染料；所述引物的序列如SEQ ID NO.1-16所示，所述MGB探针的序列如SEQ ID NO.17-33所示。

进一步地，所述试剂盒的检测反应包含8个PCR反应，所述8个PCR 反应分别在独立的PCR管中进行。

进一步地，当DNA模板中含有所述九种高频致病变异的任何一种时，对应的反应孔中FAM和VIC双通道都出现明显的扩增曲线，且FAM通道和VIC通道的Ct值差距不大于1.0。