[发明专利]用于地黄属植物鉴定的DNA条形码序列组合及鉴定方法有效
申请号: | 202111536114.4 | 申请日: | 2021-12-15 |
公开(公告)号: | CN114317797B | 公开(公告)日: | 2023-01-10 |
发明(设计)人: | 李建芳;刘占林;黄静;程芳婷;杜优 | 申请(专利权)人: | 西北大学 |
主分类号: | C12Q1/6895 | 分类号: | C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11 |
代理公司: | 西安弘理专利事务所 61214 | 代理人: | 刘娜 |
地址: | 710127 陕西省西安*** | 国省代码: | 陕西;61 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 用于 地黄 植物 鉴定 dna 条形码 序列 组合 方法 | ||
1.用于地黄属植物鉴定的DNA条形码组合,其特征在于,该DNA条形码组合由R255序列和ITS序列拼接构成;R255序列的核苷酸序列如 SEQ ID NO:1所示,ITS序列的核苷酸序列如 SEQ ID NO:2所示。
2.DNA条形码组合鉴定地黄属植物的方法,其特征在于,具体按照以下步骤实施:
步骤 1,提取待测样品DNA;
步骤2,使用ITS序列的引物以及R255序列的引物分别进行PCR 扩增反应,分别得到待测样品R255序列的扩增产物和待测样品ITS序列的扩增产物;
PCR扩增反应的反应体系总体积为 20uL,1μL的20-30ng/uL模板DNA,正反向引物各0.3μL,10μL 的2×Taq PCR MasterMix, 8.4μL的双蒸水;
R255的PCR扩增条件:94℃预变性5分钟,94℃变性45秒,57℃退火45秒,72℃延伸l分钟,35个循环,72℃延伸6分钟,4℃保温;
ITS的PCR扩增条件:94℃预变性5分钟, 94℃变性45秒,55℃退火45秒,72℃延伸l分钟,35个循环,72℃延伸5分钟,4℃保温;
步骤3,将步骤2得到的扩增产物,分别做凝胶电泳,将有明亮单一条带的样品进行双向测序,分别得到待测样品R255序列和待测样品ITS区序列;
步骤4,将步骤3得到的待测样品R255双向测序的两条序列导入软件拼接成一条序列,得到的待测样品R255的序列,将待测样品ITS双向测序两条序列导入软件拼接成一条序列,得到的待测样品ITS的序列;
步骤5,将步骤4得到的待测样品R255序列和如SEQ ID NO:1所示的R255核苷酸序列比对切齐,待测样品ITS序列和如SEQ ID NO:2所示的ITS核苷酸序列比对切齐;
步骤6,将步骤5得到的比对好的R255序列和ITS区序列依次导入软件拼接在一起形成组合条形码序列R255+ITS;
步骤7,将步骤6得到的组合条形码序列R255+ ITS,再导入软件构建系统发育树,待测样品和某个种聚在一起,则说明待测样品是该物种。
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