[发明专利]一种鸡翻羽性状因果突变位点及其在遗传育种中的应用

说明书

本发明公开了一种鸡翻羽性状因果突变位点及其在遗传育种中的应用，属于分子遗传育种领域。本发明公开了一种鸡翻羽性状因果突变位点在遗传育种中的应用，所述鸡翻羽性状因果突变位点位于鸡33号染色体5.24‑5.28M区域，且存在缺失突变g.5285437‑5285451delGATGCCGGCAGGACG，存在所述缺失突变的鸡为翻羽乌鸡。本发明基于基因组深度重测序能够一步法快速精准定位到影响乌鸡翻羽的因果基因及其因果突变，以该翻羽的因果突变位点作为分子标记能实现快速选育翻羽乌鸡群体。

技术领域

本发明涉及分子遗传育种领域，特别是涉及一种鸡翻羽性状因果突变位点及其在遗传育种中的应用。

背景技术

修水黄羽乌鸡是江西省修水县境内新发现的地方鸡群体，相传明末清初年间便已在当地广泛饲养。修水黄羽乌鸡属小型肉用型且具有药用功能的黄羽乌鸡类型，适合野外放养，具有体型小、野性强、适应性广及耐粗饲等特点。修水黄羽乌鸡既有平羽个体，同时还有翻羽(卷羽)个体。

翻毛乌鸡在中国的传统医学上历来就有作为药用的记录，正如《中国养禽史》(谢成侠编著，1995)所记载，翻毛乌鸡从来就是我国传统医学上的珍贵品种。修水黄羽乌鸡资源鉴定后可将其翻毛群体进一步提纯，用于打造和开发基于药用功效的修水黄羽乌鸡专门化品系，为今后修水黄羽乌鸡打造有特色、价值高和生态可持续的商业产品奠定基础，因此培育翻羽修水黄羽乌鸡种群具有重要的经济价值。但到目前为止，翻羽表型的传统选育方法既耗时又存在准确度不高的缺点，因此亟需通过精准的分子标记辅助技术，而关于修水黄羽乌鸡翻毛性状的因果基因和因果突变一直未被发现，极大阻碍了翻羽乌鸡群体的提纯和扩大。

现有关于翻羽因果位点鉴别技术均存在明显的缺陷和不足：

(1)专利“鸡翻毛性状相关的分子标记及其应用”(专利号：CN201510756381)仅仅是利用简单的候选基因法发现一个与翻羽性状具有关联性的A56648-G56648的碱基替换。研究方法简单粗糙，研究结果中所发现的基因突变仅仅是存在相关性，并不是翻羽因果突变位点，因此对于后期翻羽分子选育应用并不能起到精准选育效果；

(2)现有专利“鸡卷羽性状主效基因的区间定位方法及应用”(专利号：CN106967832 A)通过构建具有卷羽性状的F2代资源群体，然后利用简化基因组测序法和全基因组关联分析来定位目标区间，最后利用候选基因法筛选主效基因，整个鉴别方案实施过程中，耗时长(实验群体的构建一般都至少两年以上)，技术处理程序多而繁琐，因为简化基因组获得的基因组标记信息不全，仅可用于标记连锁定位或关联定位分析，无法直接鉴别到因果基因和因果突变位点，不能够快速精确定位到目标基因和突变位点。

基于上述内容可见，现有技术中并没有一种能够快速精确定位到影响修水黄羽乌鸡的翻羽的因果基因及其因果突变。

发明内容

本发明的目的是提供一种鸡翻羽性状因果突变位点及其在遗传育种中的应用，以解决上述现有技术存在的问题，利用翻羽和非翻羽不同品种个体，开展全基因组深度重测序及基于Case-control(目标-对照)的全基因组关联分析，最终能够一步法快速精准定位到影响修水黄羽乌鸡的翻羽的因果基因及其因果突变，以该翻羽的因果突变位点作为分子标记能实现快速选育翻羽乌鸡群体。

为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

本发明提供一种鸡翻羽性状因果突变位点在遗传育种中的应用，所述鸡翻羽性状因果突变位点位于鸡33号染色体5.24-5.28M区域，且存在缺失突变g.5285437-5285451delGATGCCGGCAGGACG。

优选的是，所述鸡翻羽性状因果突变位点应用于选育翻羽乌鸡，其中，存在所述缺失突变g.5285437-5285451delGATGCCGGCAGGACG的鸡为翻羽乌鸡。

本申请还提供一种检测所述的鸡翻羽性状因果突变位点的引物，所述引物如下：