[发明专利]一种鸡翻羽性状因果突变位点及其在遗传育种中的应用

权利要求书

1.一种鸡翻羽性状因果突变位点在遗传育种中的应用，其特征在于，所述鸡翻羽性状因果突变位点位于鸡33号染色体5.24-5.28M区域，且存在缺失突变g.5285437-5285451delGATGCCGGCAGGACG的鸡为翻羽乌鸡。

2.一种检测权利要求1中所述的鸡翻羽性状因果突变位点的引物，其特征在于，所述引物如下：

5'-GTGCCTTTGCCCAAGATAAG-3'；

5'-TGGTGACATGGGAAGTTTGA-3'。

3.一种检测权利要求1中所述的鸡翻羽性状因果突变位点的试剂盒，其特征在于，包括权利要求2所述的引物。

4.一种检测权利要求1中所述的鸡翻羽性状因果突变位点的方法，其特征在于，包括如下步骤：

（1）获取待测鸡的DNA；

（2）以所述DNA为模板，利用权利要求2所述的引物扩增，将扩增产物直接测序后进行基因分型，若存在缺失突变g.5285437-5285451delGATGCCGGCAGGACG，则为翻羽。

5.如权利要求4所述的检测翻羽性状因果突变位点的方法，其特征在于，扩增反应体系为：采用25 μL的PCR 反应体系：10×Taq DNA 聚合酶缓冲液2.5 μL，dNTPs 1 μL，引物1 μL，Taq DNA 聚合酶0.25 μL，基因组DNA模板40ng，ddH₂O补充至25 μL。

6.如权利要求4所述的检测翻羽性状因果突变位点的方法，其特征在于，扩增程序为：95℃ 3min；94℃ 30 s，59℃ 35s，72℃ 30s，33个循环；72℃ 10min，4℃保存。

7.一种如权利要求2所述的引物或权利要求3所述的试剂盒或权利要求4-6任一项所述的方法在辅助选育翻羽乌鸡中的应用。

8.一种基于全基因组深度重测序的权利要求1中所述的鸡翻羽性状因果突变位点鉴别的方法，其特征在于，包括以下步骤：

（1）利用制备的全基因深度重测序DNA分子样品，构建文库，采用基于二代测序平台开展预期深度为18×的深度重测序，目标1×全基因组总长度覆盖率至少为95%；

（2）对测序数据过滤，并对变异位点进行分类和注释；

（3）基于Case-control模型的翻羽性状全基因组关联分析；

（4）自全基因组关联分析结果中筛选翻羽位点区域SNP和indel变异位点，得到候选因果位点，再经过直接测序和大群体验证分析，获取权利要求1中所述的鸡翻羽性状因果突变位点。

9.如权利要求8所述的方法，其特征在于，全基因深度重测序DNA分子样品包括修水黄羽乌鸡纯种个体及其与所述修水黄羽乌鸡遗传关系较近的江西其它地方黄鸡品种样品。