[发明专利]一种检测基因拷贝数变异的试剂及其应用

说明书

本发明公开了一种检测基因拷贝数变异的试剂及其应用，所述试剂包括序列如SEQ ID No.1所示的正向引物序列和序列如SEQ ID No.2所示的反向引物序列。本发明的检测基因拷贝数变异的试剂通过本发明方案的对引物和荧光探针的设计，可以高效准确的用于拷贝数变异的检测，检测敏感度高，重复性好，可检测低至0.25ng的样本。

技术领域

本发明属于分子遗传学检测领域，具体涉及一种检测基因拷贝数变异的试剂及其应用。

背景技术

基因拷贝数变异(copy number variation，CNV)是指人类基因组DNA片段大小范围从kb到Mb的亚微观突变，主要表现为缺失或重复。CNV的形成机制主要包括DNA重组与DNA错误复制两大类。DNA重组主要包括非等位同源重组和非同源末端连接。非等位同源重组是不同基因组位置的同源序列交换导致的，主要发生在减数分裂过程中；与非等位同源重组不同的是，非同源末端连接不需要同源序列作为底物，并且可以在连接部位插入碱基。DNA错误复制发生在DNA复制叉停滞时，滞后链从一个复制叉上脱落，通过同源序列转移到另一个空间位置上接近的复制叉。根据复制叉的方向和位置，该情况可以导致正向或反向的缺失或重复，产生的CNV也可大可小。CNV广泛存在于正常人类基因组中，具有与寡核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)相似的特点，是人类遗传多样性与个体间遗传差异的一个重要原因，除了构成遗传多态性外，还是人类疾病的重要致病因素之一。CNV参与疾病的发病机制可能通过：(1)基因剂量效应，如一些剂量敏感性基因的缺失或重复导致疾病的发生；(2)改变基因产物的结构，如在基因的编码区发生缺失或重复会导致基因断裂或者产生新的融合基因；(3)位置效应，如启动子区、非翻译区、增强子区等基因内非编码区、基因间区发生缺失或重复，影响基因的表达量从而参与疾病的发生。因此，CNV是一种可能良性的、未知临床意义的或具有致病性的基因组改变。

CNV作为一种直接或间接参与疾病发生、发展的新型基因组结构变异形式，如何对其进行快速准确的检测具有非常重要的临床意义。目前，用来进行CNV研究的方法有比较基因组杂交芯片技术、荧光原位杂交技术、多重连接探针扩增技术、新一代测序技术和数字化PCR分析等。总的来说，当前的一些技术，不管是全基因组范围内的CNV研究方法还是候选的CNV研究方法，已相继应用到CNV的分子诊断中，在方法学研究方面虽然有一定进展，但其操作可行性、检测成本、检测效率等方面不能满足当前常规检测的需要。随着CNV致病机制的研究以及分子生物学技术的发展，进一步发展人类基因组CNV检测技术的需求显得格外迫切。

发明内容

本发明旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本发明提出一种检测基因拷贝数变异的试剂，能够快速准确检测出CYBA基因缺失导致的免疫缺陷。

本发明还提出上述试剂的应用。

本发明还提出一种非疾病治疗和诊断目的检测CYBA基因拷贝数变异的方法。

根据本发明的一个方面，提出了一种检测基因拷贝数变异的试剂，所述试剂包括序列如SEQ ID No.1所示的正向引物序列和序列如SEQ ID No.2所示的反向引物序列。

在本发明的一些实施方式中，所述试剂还包括核苷酸序列如SEQ ID No.3所示的荧光探针。

在本发明的一些实施方式中，所述荧光探针的5’端有荧光基团，3’端有荧光淬灭基团。

在本发明的一些实施方式中，所述荧光基团选自VIC、FAM、TET、JOE和CY3中的一种。

在本发明的一些实施方式中，所述荧光淬灭基团选自TAMRA、MGB、BHQ中的一种。

在本发明的一些实施方式中，所述试剂还包括检测内参基因GAPDH的内参引物和内参探针。