[发明专利]与草鱼性状相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本申请是201811648716.7的分案申请。本申请属于分子生物学DNA标记技术与应用领域，公开了与草鱼生长状况有关的SNP位点位于基因SNP35第410位碱基；当基因SNP35第410位碱基为CC基因型，体重显然优于TT基因型个体。本发明能够有效用于草鱼的分子标记辅助育种，挑选合适的基因型草鱼亲本进行繁殖，可以获得生长较快的草鱼鱼苗，加快草鱼育种进程。

本申请是申请号为201811648716.7、申请日为2018年12月30日、发明名称为“与草鱼性状相关的SNP分子标记及其应用”的中国申请的分案申请。

技术领域

本发明属于分子生物学DNA标记技术与应用领域，特别涉及与草鱼性状相关的SNP分子标记及其应用。

背景技术

草鱼(Ctenopharyngodon idella)属雅罗鱼亚科(Leuciscinae)、草鱼属(Ctenopharyngodon)，具有生长速度快，肉质鲜美，营养价值高等优点，目前是我国淡水养殖鱼类中年产量最大的养殖对象，从2007年到2016年草鱼产量从356万吨逐年增加到590万吨，十年产量增加了65.73％。由此可见，草鱼养殖业的健康良性发展，不仅为我国乃至发展中国家人民提供了大量优质动物蛋白，同时带动了相关产业如饲料加工、运输和销售行业的发展壮大，解决了大批人员的就业问题。至今，虽然水产工作者已经付出了很多的努力，但草鱼仍未有通过国家良种审定委员会鉴定的人工选育的良种，实际生产上多为野生种直接驯化而成，缺少定向选育，生产上经常出现因亲本质量差，造成后代生长速度慢、规格不齐、抗病力差等问题，养殖户常常面临重大的经济损失，因此，选育高产优质的草鱼良种一直是草鱼育种工作的中心目标。

选育出生长速度更快的草鱼新品种可以节约饲料成本，缩短养殖周期进而大幅度降低草鱼养殖成本，因此，开发快速可靠的育种技术，进行草鱼快长品种(系)的培育十分必要。在开展常规选育研究的同时，开发和应用分子标记辅助育种技术可加快草鱼良种选育进程。SNP是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸变异而产生的多态性，位于基因编码区的非同义SNP可导致氨基酸的变化，从而影响蛋白质的功能，特别是发生在结构功能区域的SNP尤其重要，最终引起生物表型的变化。

全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)旨在从全基因组范围内筛选与性状关联的SNPs。GWAS分析的成本主要有2个：第一，用于分析的样本数量；第二，基因分型的费用。数量越多,其分型成本、测定性状的成本也越高。为减少成本，只测序极端样品的GWAS方法被开发出来了,如BSR-seq(RNA-seq based BSA)、XP-GWAS(Extreme-phenotype genome-wide association study)等。研究证明XP-GWAS可有效降低基因分型的工作量,能够进行低成本高效益的SNP筛选。SNP分型技术也逐渐由早期阶段的中、低通量,发展到高通量的基因芯片、重测序技术。其中RAD-seq(Restriction Association siteDNA sequencing)就是一种便宜、高效的SNP发掘与分型高通量方法。综合考虑实验成本和效率，可以采用RAD-seq技术结合XP-GWAS策略在全基因组范围内寻找与草鱼生长性状相关的SNP位点，旨在寻找新的遗传标记，为分子标记辅助选育快长草鱼新品种选育提供基础资料。

发明内容

本发明的首要目的在于提供与草鱼体重相关的4个SNPs标记及应用。

本发明所采取的技术方案是：

草鱼生长相关的基因序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.4所示。

上述基因序列，SEQ ID NO.1的第159位Y为碱基T或C，SEQ ID NO.2的第410位Y为碱基C或T，SEQ ID NO.3的第370位Y为碱基C或T，SEQ ID NO.4的第374位Y为碱基C或T。

上述所述的基因序列SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.4在判断草鱼生长快慢的应用。