[发明专利]检测基因组编辑

权利要求书

1.一种用于定量细胞基因组中的双链断裂点数量的方法，所述方法包括：

a)提供多个基因组核酸片段，其中至少一个基因组核酸片段含有插入的供体多核苷酸或其部分；

b)产生包含环状基因组核酸片段和扩增引物对的多个混合物分区，所述环状基因组核酸片段是通过在产生分区之前或之后环化基因组核酸片段产生的，其中所述扩增引物对与供体多核苷酸或其部分的相反链互补，并且其中所述扩增引物对定向是，当在基因组核酸片段环化前扩增引物对与含有所述插入的供体多核苷酸或其部分的基因组核酸片段杂交时，扩增引物对的5'端彼此接近并且3'端彼此远离；

c)用该扩增引物对扩增基因组核酸片段，以选择性地在包括含有所述插入的供体多核苷酸或其部分的一个或多个基因组片段的混合物分区中产生扩增子；

d)检测混合物分区中的扩增子；和

e)计数含扩增子的混合物分区的数量，从而定量细胞基因组中的双链断裂点的数量。

2.如权利要求1所述的方法，其中，生成包含环状基因组核酸片段的多个混合物分区包括使该基因组核酸片段环化，并将环化的基因组核酸片段划分成多个混合物分区。

3.如权利要求1所述的方法，其中，生成包含环状基因组核酸片段的多个混合物分区包括将所述基因组核酸片段划分成多个混合物分区并使所述分区中的基因组片段环化。

4.如权利要求1所述的方法，其中所述方法还包括对细胞群进行a)-e)，从而定量细胞群的基因组中的双链断裂点的数量。

5.如权利要求1所述的方法，其中所述双链断裂点中的至少一个由外源基因组编辑试剂诱导。

6.如权利要求1所述的方法，其中所述双链断裂点中的至少一个由化学诱变剂或电离辐射诱导。

7.如权利要求1所述的方法，其中步骤a)中的提供包括产生双链断裂点和引入外源供体多核苷酸，所述供体多核苷酸是双链供体多核苷酸。

8.如权利要求7所述的方法，其中所述双链供体多核苷酸包含5'或3'硫代磷酸酯连接。

9.如权利要求7所述的方法，其中所述双链供体多核苷酸包含5'和3'硫代磷酸酯连接。

10.如权利要求7所述的方法，其中所述双链供体多核苷酸包含钝的5'和3'端。

11.如权利要求7所述的方法，其中所述双链供体多核苷酸是5'磷酸化的。

12.如权利要求7-11中任一项所述的方法，其中所述双链供体多核苷酸的长度为20-150bp。

13.如权利要求12所述的方法，其中所述双链供体多核苷酸的长度为25至50bp。

14.如权利要求12所述的方法，其中所述双链供体多核苷酸的长度为34bp。

15.如权利要求1所述的方法，其中步骤a)中的提供包括产生双链断裂点和引入外源供体多核苷酸，所述供体多核苷酸是单链的。

16.如权利要求1所述的方法，其中所述扩增引物对的5'端与所述供体多核苷酸的相反链上的重叠区域杂交。

17.如权利要求16所述的方法，其中所述重叠区域的长度为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个核苷酸。

18.如权利要求1所述的方法，其中所述方法包括将包含所述插入的供体多核苷酸或其部分的环状基因组核酸片段线性化，并扩增该线性化的环状基因组核酸片段。