[发明专利]卵形鲳鲹刺激隐核虫病关联的SNP分子标记及其引物和应用

说明书

本发明公开了卵形鲳鲹刺激隐核虫病关联的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于RAC3基因组如SEQ ID NO：1所示的碱基序列自5’端起的第4116位，其碱基分别为G或T，还公开了用于扩增SNP分子标记的引物，以及上述SNP分子标记或引物在鉴别或选育不易感刺激隐核虫病卵形鲳鲹品种方面的应用。本发明通过检测卵形鲳鲹SNP4116位点基因型，就能够有效地明确该个体是否易感染刺激隐核虫病，在早期候选亲本中淘汰掉TG基因型个体有利于提高后代抗刺激隐核虫病的能力，能够有效提高育种的效率和缩短育种年限。

技术领域

本发明属于鱼类遗传育种分子标记辅助育种技术领域，具体涉及卵形鲳鲹刺激隐核虫病关联的SNP分子标记及其引物和应用。

背景技术

卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)在分类学上隶属于鲈形目(Perciformes)、鲹科(Carangidae)、鲳鲹属(Trachinotus)，俗称金鲳、黄腊鲳、短鲳鲹等，主要分布于我国南方海域。卵形鲳鲹肉质厚实细嫩，味道鲜美，生长速度快，是兼具营养价值和经济价值的可食用海水硬骨鱼类。但由于养殖密度过大、海域水质恶化等因素的影响，卵形鲳鲹养殖海域会爆发各种病害从而导致巨大的经济损失，而刺激隐核虫(Cryptocaryon irritans)病就是对卵形鲳鲹养殖业造成严重影响的病害之一，被刺激隐核虫感染的卵形鲳鲹死亡率极高，因此，研究如何提高卵形鲳鲹对刺激隐核虫的不易感十分必要。

近年来，由于环境污染、病害频发等导致卵形鲳鲹自然种群严重衰退，种质严重退化等；同时卵形鲳鲹养殖群体的近亲繁殖、小规格亲本人工育苗等原因，导致卵形鲳鲹养殖种质严重退化，抗病力减弱，养殖性能下降等。以上问题严重制约了卵形鲳鲹养殖业的持续健康发展，因此卵形鲳鲹的良种选育工作亟需开展。分子标记辅助选择育种是良种选育的方法之一，与目标性状基因紧密连锁的分子标记可以用来对目标性状进行关联分析，可以明确候选的分子标记与个体表型间的紧密关联，进一步缩短育种年限。

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)是一种遗传标记，因其具有数量多分布广、富有代表性、遗传稳定性高、易于实现自动化分析的特点，被看作最具发展潜力的分子标记。SNP的应用也十分广泛，可用于遗传图谱构建、性状基因关联性分析、种质鉴定和亲缘关系分析、辅助育种等方面，其中SNP与性状基因关联性分析不仅可以揭示SNP与基因性状之间的联系，还可以根据SNP位点和实际的育种需求进行分子育种，益处良多。朱克诚等人对卵形鲳鲹MHCⅡβ基因与美人鱼发光杆菌易感性/抗感性的多态性进行分析，发现卵形鲳鲹MHCⅡβ基因中TO-DAB-04，TO-DAB-05和TO-DAB-10这3个多态性位点与对美人鱼发光杆菌易感性显著相关，TO-DAB-01位点与对美人鱼发光杆菌抗感性具有显著关联性，TO-DAB-01位点可以为抗病育种实际应用提供参考。

目前在卵形鲳鲹不易感刺激隐核虫病遗传育种方面开展的工作较少，SNPs具有高多态性，分布广泛等众多优点，在鱼类遗传育种中具有广泛的应用前景。目前，还未见与卵形鲳鲹不易感刺激隐核虫病性状相关的基因位点的报道。

发明内容

本发明的目的在于提供卵形鲳鲹刺激隐核虫病关联的SNP分子标记以及用于扩增所述SNP分子标记的引物。

本发明目的还在于上述的SNP分子标记或上述的引物在鉴别或选育不易感刺激隐核虫病卵形鲳鲹品种方面的应用。

本发明的最后一个目的在于提供上述SNP分子标记的获取方法以及一种不易感刺激隐核虫病卵形鲳鲹的鉴别方法。

本发明的上述第一个目的可以通过以下技术方案来实现：卵形鲳鲹刺激隐核虫病关联的SNP分子标记，所述SNP分子标记为SNP4116，其位于RAC3基因组如SEQ ID NO：1所示的碱基序列自5’端起的第4116位，其碱基分别为G或T。