[发明专利]基于循环肿瘤DNA的肿瘤突变负荷检测试剂在制备预测T细胞淋巴瘤预后试剂盒中的应用

说明书

本发明提供了基于循环肿瘤DNA的肿瘤突变负荷检测试剂在制备预测T细胞淋巴瘤预后试剂盒中的应用。本发明发明人首次发现T细胞淋巴瘤患者血浆循环肿瘤DNA中13个基因外显子突变计算的肿瘤突变负荷(panel‑TMB13)与T细胞淋巴瘤患者的预后相关。当发现panel‑TMB13大于2个外显子非同义突变时，TCL患者预后差的可能性较大。本发明还发现panel‑TMB13联合国际预后指数构建的危险分层，比现有的基于国际预后指数的危险分层的更好，可以对TCL患者进行更精确地危险分层，对于TCL患者的预后判断和临床治疗方案的制定具有重要的指导意义。

技术领域

本发明属于生物医学领域，特别涉及基于循环肿瘤DNA的肿瘤突变负荷检测试剂在制备预测T细胞淋巴瘤预后试剂盒中的应用。

背景技术

T细胞淋巴瘤(T-cell lymphoma，TCL)起源于淋巴母细胞或成熟T细胞，是一种高度侵袭性和异质性的疾病。TCL占非霍奇金淋巴瘤的10-15％，可进一步细分为许多亚型。目前的治疗方案，如化疗、放疗、靶向治疗等，可以提高TCL患者的完全缓解率；然而，他们中的大多数仍然由于复发和进展而导致预后较差，部分的原因是与TCL的异质性有关。这种异质性表现在临床水平和遗传学上。然而，目前基于临床数据的国际预后指数(internationalprognosis index,IPI)的风险分层，包括年龄、分期、体能状态、血清乳酸脱氢酶(serumlactate dehydrogenase，LDH)水平和结外受累程度，无法准确预测所有TCL患者预后。事实上，突变基因的检测可以准确地对急性白血病患者进行危险分层，但遗传学在TCL患者危险分层中的重要性尚不清楚。

因为在临床上相比原位肿瘤组织，外周血样本更容易获得；因此，血液样本可以作为原位组织的替代品来监测癌症患者的预后。在癌症患者中，凋亡和坏死的癌细胞会将循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA，ctDNA)释放到外周血中，这些ctDNA携带肿瘤特异性分子改变。越来越多的证据表明ctDNA测序是监测癌症进展和预后的一种很有前景的方法，并已在各种实体瘤中得到证实。最近，有研究者探讨了ctDNA在预测淋巴瘤预后中的重要性。结果表明，ctDNA和原位肿瘤组织DNA的分析在NK/T细胞淋巴瘤(NK/T-cell lymphoma，NKTCL)中显示出良好的一致性，并且ctDNA在使用全基因组测序(whole-exomesequencing,WES)监测残留病变和预测患者预后方面具有更多优势。此外，血浆ctDNA中的RHOA(ras homolog family member A)突变与外周T细胞淋巴瘤(peripheral T-celllymphoma，PTCL)患者的进展显著相关。值得注意的是，我们之前的研究表明，在T淋巴母细胞淋巴瘤(T-Cell Lymphoblastic Lymphoma，T-LBL)患者中，较高频率的ctDNA与较高的LDH和IPI评分呈正相关。然而，由于全外显子测序(WES)的成本及其在临床环境中的及时性和信息学方面的挑战；因此，很难在临床上推广。取而代之的是，现在临床上更常见的是应用包含较少数量基因的面板来对癌症患者进行精确地危险分层。

发明内容

本发明的首要目的在于克服现有技术的缺点与不足，提供基于循环肿瘤DNA中基因组合外显子非同义突变的肿瘤突变负荷检测试剂在制备预测T细胞淋巴瘤预后试剂盒中的应用。是基于本发明的发明人首次发现T细胞淋巴瘤患者血浆循环肿瘤DNA中13个基因外显子突变计算的肿瘤突变负荷(panel-TMB13)与T细胞淋巴瘤患者的预后相关，可以作为预测T细胞淋巴瘤患者预后评估的指标。

本发明的另一目的在于提供一种预测T细胞淋巴瘤预后的试剂盒。

本发明的目的通过下述技术方案实现：

基于循环肿瘤DNA中基因组合外显子非同义突变的肿瘤突变负荷检测试剂在制备预测T细胞淋巴瘤预后试剂盒中的应用；