[发明专利]基于循环肿瘤DNA的肿瘤突变负荷检测试剂在制备预测T细胞淋巴瘤预后试剂盒中的应用

权利要求书

1.基于循环肿瘤DNA中基因组合外显子非同义突变的肿瘤突变负荷检测试剂在制备预测T细胞淋巴瘤预后试剂盒中的应用，其特征在于：

所述的基因组合由如下基因组成：TET2、ATM、NF1、JAK1、BRAF、STAT5B、AP3B1、BCL6、MDM2、STAT6、CDKN2B、FBXO11、EPCAM。

2.根据权利要求1中所述的应用，其特征在于：

在所述的应用中，通过检测临床患者的血浆循环肿瘤DNA中基因组合外显子突变情况，并根据基因组合外显子突变情况计算肿瘤突变负荷，从而预测T细胞淋巴瘤预后；

所述的预测具体指：

①当panel-TMB13大于2个外显子非同义突变时，T细胞淋巴瘤患者总体生存差的可能性较大；

②当panel-TMB13小于或等于2个外显子非同义突变时，T细胞淋巴瘤患者总体生存好的可能性较大；

③当panel-TMB13大于2个外显子非同义突变时，T细胞淋巴瘤患者无进展生存差的可能性较大；

④当panel-TMB13小于或等于2个外显子非同义突变时，T细胞淋巴瘤患者无进展生存好的可能性较大。

3.根据权利要求2中所述的应用，其特征在于：

所述的总体生存差是指3年总体生存率等于0％；

所述的总体生存好是指3年总体生存率大于51％；

所述的无进展生存差是指3年无进展生存率等于0％；

所述的无进展生存好是指3年无进展生存率大于42％。

4.用于第一检测物的检测试剂联合用于第二检测物的检测试剂在制备T细胞淋巴瘤危险分层试剂盒中的应用，其特征在于：

所述的第一检测物为基于循环肿瘤DNA中基因组合外显子非同义突变的肿瘤突变负荷；所述的基因组合由如下基因组成：TET2、ATM、NF1、JAK1、BRAF、STAT5B、AP3B1、BCL6、MDM2、STAT6、CDKN2B、FBXO11、EPCAM；

所述的第二检测物为国际预后指数。

5.根据权利要求4中所述的应用，其特征在于：

在所述的应用中，包括如下步骤：

S1、检测临床患者的循环肿瘤DNA中基因组合外显子突变情况，并根据基因组合外显子突变情况计算肿瘤突变负荷panel-TMB13；

S2、在R语言软件中通过输入panel-TMB13、生存状态和生存时间建立列线图模型，获得基于panel-TMB13的评分1；

S3、根据国际预后指数获得评分2；

S4、依据评分1和评分2的分数总和对临床患者进行危险分层；

所述的危险分层具体指：

①当0≤分数总和≤49，为低风险组；

②当49＜分数总和＜176，为中风险组；

③当分数总和≥176，为高风险组。

6.根据权利要求5中所述的应用，其特征在于：

所述的低风险是指2年总体生存率大于57％，2年无进展生存率大于48％；

所述的中风险是指2年总体生存率大于等于23％且小于等于57％，2年无进展生存率大于15％且小于等于48％；

所述的高风险是指2年总体生存率小于23％，2年无进展生存率小于15％。

7.根据权利要求1-6任一项中所述的应用，其特征在于：

所述的肿瘤突变负荷的检测的样本为临床患者的外周血。

8.根据权利要求1-6任一项中所述的应用，其特征在于：

所述的非同义突变为如下突变情况的至少一种情况或多种情况的组合：错义突变、剪切突变、移码突变、截短突变、非移码缺失突变、非移码插入突变、拷贝数缺失。

9.根据权利要求1-6任一项中所述的应用，其特征在于：

所述的试剂盒包含用于血浆循环肿瘤DNA提取的试剂、外显子测序的试剂中的任意一种或至少两种。

10.根据权利要求9中所述的应用，其特征在于：

所述的用于血浆循环肿瘤DNA提取的试剂为Qiagen的QIAamp循环核酸提取试剂盒中的试剂。