[发明专利]一种砂仁SSR分子标记引物组及其应用

说明书

本发明公开了一种砂仁SSR分子标记引物组及其应用。本发明提供的砂仁SSR分子标记引物组包括6对引物，其引物序列依次如SEQ ID NO：1～12所示；利用上述砂仁SSR分子标记引物组，结合PCR扩增技术、聚丙烯酰胺凝胶电泳构建砂仁DNA指纹图谱，提供相应的二维码信息，可准确、高效、稳定地鉴定砂仁种质资源，为砂仁种质资源鉴定、品种辨别和分子标记辅助育种等相关研究提供理论依据和技术支持，具有良好的应用前景。

技术领域

本发明涉及分子生物学技术领域，具体涉及一种砂仁SSR分子标记引物组、指纹图谱构建及其在砂仁种质资源鉴定中的应用。

背景技术

砂仁(Amomi Fructus)为姜科、豆蔻属多年生草本植物，具有化湿开胃、理气安胎、醒脾等作用，为中国“四大南药”之一。砂仁为中国传统药材，据记载约有1300的应用历史，是中国传统药材，每年市场需求量估计达到2.2×10⁶kg，正品砂仁干燥成熟果实包括阳春砂(Amomum villosum Lour.)、绿壳砂(A.villosum Lour.var.ranthioides T.L.Wu etSenjen)和海南砂(A.longiligulare T.L.Wu)3种，其中，阳春砂仁为砂仁中的主流品种。由于砂仁种质多元，引种随意，保存较为分散，地方栽培种独立命名，因此存在同名不同种、同种不同名，以及药材间相互伪充等问题，造成种质利用困难，种植混乱，甚者对砂仁带来不利的影响。因此，有必要建立一种方法对来自不同品种或来自不同地方的砂仁种质进行鉴别，为每一个品种或种类建立独有特征指纹，以达到鉴定、分类，甚至是控制质量的目的。

关于砂仁分子鉴别，欧阳霄妮采用RAPD标记技术对4种农家栽培类型的阳春砂基因组DNA进行鉴定，结果显示均来源于姜科豆蔻属植物阳春砂(欧阳霄妮.阳春砂资源调查与品质评价研究[D].广州中医药大学,2010.)。张忠廉等用ISSR标记技术对不同产地、不同表型性状的砂仁样品进行遗传多样性及亲缘关系分析，筛选出11条ISSR引物，进行聚类分析结果表明各居群表型性状差异较小，表明砂仁种质资源的遗传多样性较低(张忠廉,李学兰,杨春勇,唐德英,王继永,高微微.砂仁遗传多样性的ISSR分析[J].中草药,2011,42(03):570-574.)。焦文静等基于ITS2序列建立了单核苷酸多态性(SNP)技术鉴别砂仁3个基原(阳春砂、海绿砂、绿壳砂)的方法(焦文静,张鹏,廖保生,王丽丽,韩建萍.基于SNP位点鉴定砂仁药材物种[J].世界科学技术-中医药现代化,2014,16(02):295-300.)。总体来看，以往的研究多选用传统分子技术手段，且分析的材料数比较有限，至今砂仁不同品种指纹图谱尚未报道。

SSR分子标记有着形态标记更突出的优势，具有重复性高，结果准确的优点。形态鉴定虽然直接方便，但数量有限，易受环境影响。研究表明，具有相似形态的相似个体可能包含较大的遗传变异，这些变异可以通过分子标记来识别。DNA指纹图谱是在分子标记的基础上绘制而成的，这种图谱多态性丰富，具有高度的个体特异性和环境稳定性，犹如人的指纹一样能够鉴别生物个体之间的差异，因此被称为DNA指纹图谱(DNA fingerprinting)。DNA指纹图谱具有快速、准确的特点，是鉴别品种、品系的有力工具，也非常适应于种质资源的鉴定工作。SSR分子标记具有多态性高、重复性好、操作简单等优点，被广泛应用于植物的鉴定和指纹图谱的构建。目前为止，利用SSR标记构建砂仁DNA指纹图谱并提供相应的二维码信息，在国内外尚未报道。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术中存在砂仁种质资源鉴别的缺陷和不足，提供一种砂仁SSR分子标记引物组在砂仁种质资源鉴定上的应用。

本发明的第一个目的在于提供一种砂仁SSR分子标记引物组；

本发明的第二个目的在于提供基于所述砂仁SSR分子标记引物组构建指纹图谱的方法；

本发明的第三个目的在于提供所述砂仁SSR分子标记引物组在砂仁种质资源鉴定中的应用。

本发明的上述目的是通过以下技术方案给予实现的：