[发明专利]一种猪13号染色体上与母猪产畸形仔猪数相关的SNP分子标记及其用途

说明书

本发明提供了一种猪13号染色体上与母猪产畸形仔猪数相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记的位点为国际猪参考基因组11.1版本13号染色体上第128894716个核苷酸位点，该位点的碱基是T或G。该位点的碱基多态性导致母猪产畸形仔猪数的差异。本发明通过优选该SNP的优势等位基因，能够逐代增加优势等位基因频率，降低种母猪产畸形仔猪数，加快猪遗传改良进展从而有效提高种猪育种的经济效益。

技术领域

本发明涉及一种猪13号染色体上与母猪产畸形仔猪数相关的SNP分子标记及其用途。

背景技术

在养猪生产中，母猪的繁殖能力是影响猪场生产能力的重要因素之一，繁殖性能的高低决定了整个猪场的经济效益。因此，提高母猪繁殖性状，如总产仔数、产活仔数等的增加，一直倍受育种研究人员的关注。然而，在整个养猪过程中往往会发生一些不可预知的情况，如仔猪畸形可发生在猪体内外的任何部位，主要包括：锁肛、弯腿、裂腭、隐睾和先天性震颤等，发生率一般在0.11％～4.96％左右。因其发生率较低，往往难以引起育种工作者的重视，从而导致研究进展缓慢。根据《中国农业年鉴2018》统计，全国2017年末能繁母猪存栏量为4471.5万头，按每年平均产仔2窝，平均窝产仔数15头，畸形平均发生率2％计算，全国每年损失约2682.9万头仔猪。这一数值直观显示出畸形给生猪养殖产业带来的巨大经济损失。目前，针对于现今规模化猪场的生产管理，成熟的疫苗接种以及给药程序，母猪产畸形的现象仍时有发生，由此可见，遗传因素对畸形的影响不可忽视。因此，为解析导致母猪产畸形的遗传机制，在基因组上鉴别影响畸形数的数量性状基因座(Quantitative traitloci,QTL)和功能基因显得极为重要。

近年来，猪的许多重要经济性状借助于常规的育种技术，在选育过程中取得了一定的遗传进展，如瘦肉率、饲料转化率和生长速度等。然而，母猪的繁殖性状遗传力在0.06～0.3左右，属于中低遗传力性状，基于表型值进行的常规育种所取得的遗传进展不尽人意，显然无法从根本上解析畸形产生的遗传机理。随着分子生物技术的快速发展，分子育种为动物育种提供了新的研究策略。标记辅助选择技术可通过遗传标记，实现从表型选择到影响性状遗传变异及功能基因鉴别的转换。然而，以往的研究结果所定位到的QTL往往利用密度较低的微卫星标记，且置信区间较大，包含十几个基因。因此，人们很难在这些区域内准确锚定与目标性状相关的功能基因。随着测序技术的不断深入，全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)逐渐成为一种鉴定畜禽经济性状重要候选基因的主流策略。通过检测猪全基因组上的单核苷酸多态(Single nucleotidepolymorphisms,SNP)，结合GWAS技术可进一步缩小定位区域，并最终鉴别出影响畸形数的QTL、功能基因以及相关遗传变异位点。本申请在杜洛克种猪群体中采用GWAS的策略鉴定到一个SNP位点，结果表明该SNP位点与猪畸形数具有一定的关联性。

发明内容

为了克服现有技术的不足和缺点，本发明提供了一种猪13号染色体上与母猪产畸形仔猪数相关的SNP分子标记及其用途，本发明还提供了一种用于检测所述的SNP分子标记的引物对和试剂盒，本发明还提供了一种筛选产畸形仔猪数低的猪品种的方法，本发明还提供了一种猪的遗传改良的方法。

为实现上述目的，所采取的技术方案：一种猪13号染色体上与母猪产畸形仔猪数相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记的位点为国际猪参考基因组11.1版本13号染色体上第128894716个核苷酸位点，该位点的碱基是T或G。该位点的碱基多态性导致母猪产畸形仔猪数的差异。

优选地，所述SNP分子标记的序列如SEQ ID NO：1所示，所述SEQ ID NO：1所示序列自5’端起第120位碱基是T或G。即序列中的M是G或T。SNP分子标记的位点为SEQ IDNO:1序列标注位置为120位的G120-T120的核苷酸突变。

优选地，所述母猪包括包括杜洛克及其合成系。更优选地，所述母猪为S22系杜洛克猪及其合成系。