[发明专利]一种橡胶树次生乳管列数的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种与橡胶树次生乳管列数相关的SNP标记，所述SNP标记为SEQ ID No.1所示核苷酸序列自5'端起第238位点出的碱基是G或者A。本发明首次从大数据层面，鉴定到位于SEQ ID NO.1核苷酸序列第238位的SNP与次生乳管列数的多/少密切关联，利于检测，准确可靠，操作方便；利用本发明提供的所述SNP标记对杂交组合群体次生乳管列数性状进行鉴定，准确度达91％以上；本发明提供的SNP标记及其检测方法不受橡胶树树龄影响，可以在幼苗期进行选择，极大地减少了育种工作量，显著缩短了橡胶树产量育种选择周期，提高了育种效率，可以在实践中用于橡胶树产量分子标记辅助育种。

技术领域

本发明涉及一种SNP标记及其应用，尤其涉及一种橡胶树次生乳管列数的 SNP分子标记及其应用。

背景技术

橡胶树高度杂合，但可通过芽接的方式繁育种苗，使得优良的杂交后代得以稳定地保存下来。这就是目前橡胶树杂交育种程序的基础。一直以来，橡胶树的一个主要的育种目标是培育高产品种，在此基础上再评价其他副性状。这就导致目前生产上应用的高产品种，其抗逆性不理想。而抗逆性理想的品种，产量又较低。研发产量与抗逆性状相关的分子标记，辅助杂交亲本和杂交后代选择，是高效培育高产抗逆新品种的必由之路。

随着技术的进步，分子标记的研发已经实现了从原来的对某个综合性状的粗放型模式到现在的对其构成性状的精细型模式的转变。如人们将水稻产量剖析为分蘖数、穗粒数、千粒重等多个构成性状，并开发了相应的分子标记用于辅助育种。近些年国内外在橡胶树分子标记研发方面已有报道。如印度学者开发了一个 RAPD分子标记，可以用于鉴定橡胶树矮化性状；我国学者根据高密度连锁图谱对产量性状进行定位，鉴定到多个相关的QTL位点。但是这些标记大多还停留在对综合性状的描述上，尚未涉及具体的构成性状。

位于橡胶树树干树皮中的次生乳管是天然橡胶合成和储存的场所。在生产上，人们通过有规律地重复切割橡胶树树干树皮，多次收集从乳管伤口处流出的乳汁状的胶乳，用于天然橡胶的加工。因此，橡胶树树干树皮中的次生乳管是天然橡胶产量的结构基础，其数量与橡胶产量显著正相关，是决定天然橡胶产量的主效性状之一。经过一百多年的驯化，目前生产上栽培品种的产量得到了极大提高，其树皮内层的次生乳管列数也远远高于野生品种。虽然唐朝荣等报道了一个与橡胶树乳管相关的SNP(唐朝荣,龙翔宇,戚继艳,阳江华,何斌.一种与橡胶树乳管数量相关的SNP标记及其应用.中国发明专利,CN 105838809 A)，但其分析样本只是基于34份野生种质，并未涉及目前生产上产量和乳管列数均优的栽培品种。我们通过对93份栽培种和115份野生种质的深度重测序分析，鉴定到一个与次生乳管列相关的SNP标记，能够早期筛选次生乳管列数多的种质，将推进高产抗逆橡胶树新品种的选育进程。

发明内容

本发明在于克服现有技术中的不足，提供一种与橡胶树次生乳管列数性状相关的SNP标记，能够早期筛选次生乳管列数多的种质，将推进高产抗逆橡胶树新品种的选育进程。

本发明的第一个方面是提供一种与橡胶树次生乳管列数相关的SNP标记，所述SNP标记的序列如SEQ ID No.1所示，所述SEQ ID No.1所示序列自5'端起第238位点处的碱基是G或者A(应当理解的是，在序列表中SEQ ID No.1自 5'端起第238位点用“g”表示，只是为了正常提交核苷酸序列表，并不影响本发明权利要求1和说明书的相关限定)。

发明人发现，该SNP标记的位点处基因型为GG基因型橡胶树次生乳管列数要显著多于AA基因型橡胶树。

基于所述SNP分子标记，可以开发橡胶树次生乳管列数的基因型鉴定方法，通过对所述SNP位点碱基序列分析，所述SNP位点的基因型为GG鉴定橡胶树次生乳管列数多，所述SNP位点的基因型为AA鉴定橡胶树次生乳管列数少，准确度可达91％以上。

为进行所述SNP标记检测，本发明的第二个方面是提供一种用于检测本发明第一个方面所述的SNP标记的引物对，所述引物对的核苷酸序列如SEQIDNO： 2和SEQIDNO：3所示。