[发明专利]基于半导体测序的降低无创产前检测假阳性假阴性的方法

说明书

本发明公开了一种基于半导体测序的降低无创产前检测假阳性假阴性的方法，包括实验环节和测序数据分析环节；所述测序数据分析环节，包括如下步骤，测序数据获取‑序列比对和过滤‑GC校正‑统计每个分辨率窗口的序列数值并归一化‑对分辨率窗口的比例（R）值进行RUN内校正‑计算分辨率窗口的Z‑score值‑胎儿DNA浓度（fc）预测‑得出Z值、Zlength值和Z_S值‑结果汇总分析。本发明既无需增加实验环节，也无需增加成本，只通过短片段富集减半数据量来进行分析和剔除母源CNV影响进行分析，使在已片筛优化实验方法的前提下胎儿浓度再度提高，通过对高胎儿浓度及剔除母源CNV影响的Z值和低胎儿浓度的Z值进行比较，从而识别假阳性假阴性样本。

技术领域

本发明涉及产前诊断分子遗传学检测技术领域，特别涉及一种基于半导体测序的降低无创产前检测假阳性假阴性的方法。

背景技术

无创产前基因检测(Non-invasive prenatal testing，简称NIPT)是通过分离孕妇外周血中游离的DNA(cellfree DNA，简称cf DNA)，利用大规模平行测序技术(massivelyparallel sequencing,MPS)获得胎儿染色体信息，分析胎儿染色体是否存在非整倍体异常风险的技术。目前临床上染色体数目异常的产前诊断方法仍然是创伤性的，穿刺取样会造成一定比例的流产。NIPT这种无创性采样方式(只需抽取5ML外周血)更容易被众多孕妇受检者接受。近年来NIPT在产前诊断中大规模应用。

越来越多孕妇优先选择NIPT的同时，无创产前检测假阳性假阴性样本的问题越发突出。据行业内专家报道，NIPT的回顾性分析数据显示，部分染色体异常类型存在着比较低的阳性预测值，如下表：

(Zp:代表诊断阳性；P：代表NIPT阳性；PPV:代表阳性预测值；SCA:代表类型为所有性染色体异常汇总)

母体外周血中游离DNA的来源与含量变化等生物因素会影响NIPT检测准确性。对于所检测目标疾病，会产生NIPT检测出的胎儿染色体结果与有创诊断结果不一致，即出现NIPT假阴性或假阳性结果。一般导致NIPT假阳性假阴性的常见原因有以下3种：1.胎儿游离DNA含量过低：早孕期双胎，一胎消亡变单胎；异卵双胎妊娠；辅助生殖妊娠；孕妇肥胖。2.胎儿和胎盘不一致：局限性胎盘嵌合；胎儿异常，胎盘细胞的染色体正常。3.母体自身原因造成染色体异常：母体拷贝数异常；母体为嵌合体异常；母体肿瘤携带；外源性输血或外源性淋巴细胞治疗。

如何减少无创产前检测假阳性假阴性样本的误判越来越受重视，目前行内降低假阳性假阴性普遍有如下方法：

1.加入母体测试样本，增加母体背景对照，去除母体异常引起的假阳性假阴性。但这种方法增加一定的运营成本，并不是所有实验室都能接受的，只是当发现异常样本时才会对个别增加母体测试环节，另外该环节且会导致报告周期延迟，不能广泛推广。

2.实验流程中加入片筛环节来提高胎儿浓度，实践证明该方法在一定概率下提高胎儿浓度，阳性预测值得到了提高。但在实际检测中，因个体差异，如试管婴儿(或有减胎)，孕妇的年龄，孕妇的体重指数(BMI)，妊娠期并发症等因素影响，部分样本在实验过程即使已加入磁珠片筛，却依然不能很好地提高胎儿浓度。

发明内容

本发明要解决的技术问题是针对上述现有技术的不足，提供一种基于半导体测序的降低无创产前检测假阳性假阴性的方法，既无需增加实验环节，也无需增加成本，只通过短片段富集减半数据量来进行分析和剔除母源CNV影响进行分析，使在已片筛优化实验方法的前提下胎儿浓度再度提高，通过对高胎儿浓度及剔除母源CNV影响的Z值和低胎儿浓度的Z值进行比较，从而识别假阳性假阳性样本。