[发明专利]一种用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记及应用

说明书

本发明提供了一种用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记及应用，通过全基因组关联分析（GWAS）技术方法，首次在斑点叉尾鮰基因组上筛选到位于20号染色体上的2个与增重性状相关联的SNP分子标记。该SNP位点的多态性与斑点叉尾鮰的增重性状显著关联，所述的SNP分子标记连锁遗传，具有增重优势的斑点叉尾鮰基因型为TG/TG型。

技术领域

本发明属于鱼类生长性状的分子标记选择技术领域，涉及一种用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记及应用，具体涉及2个与斑点叉尾鮰增重性状相关的SNPs分子标记及其应用。

背景技术

随着高通量测序技术的进步和成本的降低，基于基因组测序的GWAS研究逐渐应用于动植物各种性状遗传解析。GWAS在育种领域的应用最早在奶牛中开展，Daetwyler 等（2008）、Pryce 等（2010）先后在奶牛基因组中筛选出与奶牛泌奶和泌奶持续力等性状相关的SNPs位点。在水产动物基因组学领域，最近几年GWAS研究方法已发展成为最为热点的研究方向之一，为进一步解析控制水产动物复杂数量性状的遗传基础和挖掘育种潜在功能基因和分子标记提供了无限可能。

发明内容

本发明的目的在于提供一种用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记及其应用，通过全基因组关联分析首次在斑点叉尾鮰第20号染色体上筛选到2个与增重性状相关联的SNP分子标记。

本发明主要利用BGISEQ-500平台对来自不同家系，但初始体质量相当的斑点叉尾鮰选育群体开展全基因组重测序，并将全基因组SNPs变异与增重性状进行关联分析，挖掘控制增重性状的重要SNP分子标记。为了减小环境因素对实验结果的影响，所有的家系子代在相同的环境中养殖，且投放的试验鱼具有相似的规格。本发明获得的SNP标记可以用于斑点叉尾鮰分子标记辅助育种，选择具有增重优势的个体作为苗种繁育的亲本。

为了实现上述目的，本发明通过以下技术方案实现：用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记，其位于rrp44基因第9个内含子中。

优选的，第一个SNPs标记位于20号染色体的第14 657 971个碱基处，突变类型为C/G，命名为g. 20.14657971 CT，其核苷酸序列如序列SEQ ID NO .1所示；和/或，第二个SNPs标记位于20号染色体的第14 658 012个碱基处，突变类型为C/T，命名为g. 20. 14658012 CG，其核苷酸序列如序列SEQ ID NO .2所示。

序号	序列
SEQ ID NO .1	TACTAACTAGSCTCTTTAAAA
SEQ ID NO .2	GTTGAAAACTYTGATTTTTAC

优选的，所述第一个SNPs标记的序列第11位碱基Y是C或T，所述第二个SNPs标记的序列第11位碱基S是C或G。

优选的，SNP位点的基因型为TG和/或CC型。