[发明专利]一种用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记及应用

权利要求书

1.用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记，其特征在于：位于rrp44基因第9个内含子中。

2.如权利要求1所述的用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记，其特征在于：第一个SNPs标记位于20号染色体的第14 657 971个碱基处，突变类型为C/G，命名为g.20.14657971 CT，其核苷酸序列如序列SEQ ID NO .1所示；和/或，

第二个SNPs标记位于20号染色体的第14 658 012个碱基处，突变类型为C/T，命名为g.20. 14658012 CG，其核苷酸序列如序列SEQ ID NO .2所示。

3.如权利要求2所述的用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记，其特征在于：所述第一个SNPs标记的序列第11位碱基Y是C或T，所述第二个SNPs标记的序列第11位碱基S是C或G。

4.如权利要求1-3任一项所述的用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记，其特征在于：SNP位点的基因型为TG和/或CC型。

5.权利要求1-3任一项所述的用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记的筛选方法，其特征在于：包括以下步骤，

1) 提取待测鱼样本的DNA，构建斑点叉尾鮰基因组重测序文库，在BGISEQ-500测序平台上对所有文库进行PE150双端测序；

2) 获得待测鱼样本的每月增重量；

3) 测序数据过滤与SNPs分型：测序的原始数据经过滤和质控后，与斑点叉尾鮰参考基因组比对，使用GATK软件检测SNPs，ANNOVAR软件注释捕获到的变异，VCFtools软件确定遗传变异的遗传位置；

4) 生长性状全基因组关联分析：使用SNP Variation Suit v8.5.0软件的单位点混合线性模型GWAS（EMMAX）进行增重性状的全基因组关联分析，获得目标SNP分子标记。

6.如权利要求5所述的用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记的筛选方法，其特征在于：将获得的所述目标SNP分子标记使用SHEsis软件进行连锁分析。

7.权利要求1-3任一项所述的用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记的应用。

8.如权利要求7所述的用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记的应用，其特征在于：用于斑点叉尾鮰分子标记辅助育种，选择具有增重优势的个体作为苗种繁育的亲本。