[发明专利]一种检测筛查新冠病毒N439K突变的方法及试剂盒

说明书

一种检测筛查新冠病毒N439K突变的方法及试剂盒，包括核酸提取得到待检核酸；以设计的引物进行扩增反应，得到核酸扩增产物；配置CRISPR反应混合液，2μL核酸扩增产物加入到第一CRISPR反应混合液或第二CRISPR反应混合液，37℃孵育30分钟，通过荧光读取检测结果。本发明具有检测速度快、准确度高、成本低以及多场景实时检测的优点。

技术领域

本发明属于生物检测技术领域，涉及一种检测筛查新冠病毒N439K突变的方法及试剂盒。

背景技术

新型冠状病毒(COVID-19)，简称“新冠病毒”，是一种新发现的单链RNA病毒，全长29903个核苷酸，通过飞沫经呼吸道与结膜传播，传染性强，传播范围广，是目前已知的第七种对人类致病的冠状病毒。相比于其它冠状病毒造成的急性症状，新型冠状病毒感染症状从轻微、咳嗽、发烧到危重均有出现，感染症状和常见呼吸系统疾病相似，隐蔽性强，传染性极强。

随着新冠病毒的传播，全球已监测到数千种新冠病毒突变。绝大部分突变并不会导致病毒特性的改变，但是部分位于新冠病毒S蛋白上的特殊突变可能使病毒更具危害性。新冠病毒S蛋白(刺突蛋白)是病毒最外层结构的组成部分，新冠病毒通过表面蛋白识别宿主细胞表面的hACE2受体从而入侵细胞。人体也是通过识别病毒表面抗原从而产生相应抗体来实现病毒免疫。目前大多数的新冠疫苗也是针对新冠病毒S蛋白设计的。因此发生在新冠病毒S蛋白上的突变可能导致相应氨基酸的改变，从而使病毒入侵方式更具传染性。氨基酸的改变可能导致病毒抗原表位的变化从而使疫苗诱导的保护性抗体失效。N439K突变即新冠病毒S蛋白第439号氨基酸第3个碱基处发生了C到A或者C到G的碱基变化，导致氨基酸由天冬酰胺(N)转变为赖氨酸(K)。研究发现携带N439K突变的毒株对多种新冠单克隆抗体以及多克隆抗体均能产生抗性，可能会导致携带N439K突变毒株的免疫逃逸。同时，携带N439K突变的毒株对hACE2受体具有更高的亲和性，可能导致突变毒株传染性的增强。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)指由于单个核苷酸碱基的改变而导致的核酸序列的多态性。单核苷酸多态性检测(SNP检测)是一种用来检测基因组水平上由单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性的检测技术。SNP检测方法大致分为3类：①以凝胶为基础的已知多态性检测，包括聚合酶链反应、限制性片段长度多态性标记、寡核苷酸连接分析和小测序等；②非凝胶高通量的检测技术，包括荧光能量共振转移的检测法、质谱技术和DNA芯片等；③构象为基础的未知突变检测，包括单链构象多态性、化学或酶错配修饰分析、变性梯度凝胶电泳、变性高效液相色谱等。目前，新冠病毒突变的监控主要依赖高通量测序鉴别SNP，虽然准确度较高，但是检测周期长达7天且成本昂贵，无法适用于新冠病毒突变的快速筛查。因此，研发一种速度快、准确度高、成本较低的快速SNP检测筛查新冠病毒突变方法，意义重大。