[发明专利]一种对临床样本基因和蛋白高通量检测结果的联合分析方法

说明书

本发明公开了一种对临床样本基因和蛋白高通量检测结果的联合分析方法，包括以下步骤：1)检测肿瘤样本，获取基因和蛋白高通量全景测序数据，并开展生物信息学及统计学分析；2)如明确检出与肿瘤相关的基因突变，则进一步分析阳性蛋白和/或阳性信号通路，验证基因蛋白结果的一致性；3)如未明确检出与肿瘤相关的基因突变，则基于蛋白检测结果，获取致瘤性的阳性蛋白和/或阳性信号通路；4)推荐可潜在获益的靶向药物，基于阳性基因、阳性蛋白和阳性信号通路三种证据，进行药物有效性等级评估，包含的证据越多，则药物有效性等级级别最高。本发明方法能够提高检测的准确性及药物疗效预测的准确性，扩大可从靶向治疗中潜在获益的患者人群，提高患者的临床获益率。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体地，涉及一种对临床样本基因和蛋白高通量检测结果的联合分析方法。

背景技术

随着人类基因组图谱绘制完成，人们对疾病分子机制的认知逐渐加深，进一步将基因检测技术融入临床医疗，尤其在肿瘤领域。基因检测技术在肿瘤辅助诊断、精准用药、肿瘤复发及耐药监测等全周期管理的各个环节发挥的作用日益显著。

然而，在实际临床应用中，适用于靶向治疗的患者比例仅为8.33％，大部分肿瘤患者无法检出对靶向药物敏感的基因突变，而部分患者依据基因检测结果指导用药后，药物疗效并不显著，实际能够临床获益的患者比例仅为4.9％。与此同时，部分患者虽然未检出基因敏感突变，但尝试使用靶向治疗后却显示出抗肿瘤活性。由此可见，仅基于基因检测指导的靶向治疗在准确性、患者受益范围方面仍然存在一定的缺陷与不足。

从最根本的生物层面分析，绝大多数靶向药物的真正作用靶点是蛋白质，DNA负责指导蛋白质合成，而蛋白质是生命活动的主要承担者。蛋白分布于信号通路的各个节点，形成复杂的调控网络，对靶向用药临床获益率及潜在药物靶点选择具有重要影响。目前临床应用中尚未将蛋白数据纳入分析流程，同时考虑到在基因蛋白联合分析过程中，会涉及到基因变异与蛋白表达差异不一致，缺乏合适的方法深入挖掘数据等问题，这无疑为临床报告解读带来了巨大挑战。因此，能否设计出一种针对临床样本，可充分利用基因和蛋白双组学高通量数据的联合分析方法，从而使更多患者能够更有效的从精准医疗中潜在获益，是一个亟待解决的问题。

发明内容

发明目的：为解决上述技术问题，本发明提供了一种对临床样本基因和蛋白高通量检测结果的联合分析方法。

技术方案：一种对临床样本基因和蛋白高通量检测结果的联合分析方法，包括以下步骤：

1)检测肿瘤样本，获取基因和蛋白高通量全景测序数据，并开展标准生物信息学流程分析及统计学分析；

2)如果明确检出与肿瘤相关的基因突变，则进一步分析阳性蛋白和/或阳性信号通路，验证基因蛋白结果的一致性；

3)如果未明确检出与肿瘤相关的基因突变，则基于蛋白检测结果，获取致瘤性的阳性蛋白和/或阳性信号通路；

4)推荐可潜在获益的靶向药物，基于阳性基因、阳性蛋白和阳性信号通路三种证据，进行药物有效性等级评估，包含的证据越多，则药物有效性等级级别越高。

优选的，所述的对临床样本基因和蛋白高通量检测结果的联合分析方法，其特征在于，包括以下步骤：

1)获得肿瘤患者的样本，对所述样本进行下一代基因测序(NGS)和蛋白质组质谱检测，获取基因和蛋白高通量、全景测序数据；

2)对基因高通量测序数据进行标准生物信息学流程分析，获得基因变异信息，得到致瘤性的阳性基因；对蛋白高通量测序数据进行蛋白定性、定量信息提取，获得蛋白突变后的氨基酸序列多肽及表达量差异显著的蛋白列表，得到阳性蛋白；通过对信号通路所涉及蛋白的表达量进行统计学分析，筛选出具有显著统计学差异的阳性信号通路；如明确检出与肿瘤相关的基因突变，则进一步分析阳性蛋白和/或阳性信号通路，验证基因蛋白结果的一致性；