[发明专利]一种对临床样本基因和蛋白高通量检测结果的联合分析方法

权利要求书

1.一种对临床样本基因和蛋白高通量检测结果的联合分析方法，其特征在于，包括以下步骤：

1)检测肿瘤样本，获取基因和蛋白高通量全景测序数据，并开展标准生物信息学流程分析及统计学分析；

2)如果明确检出与肿瘤相关的基因突变，则进一步分析阳性蛋白和/或阳性信号通路，验证基因蛋白结果的一致性；

3)如果未明确检出与肿瘤相关的基因突变，则基于蛋白检测结果，获取致瘤性的阳性蛋白和/或阳性信号通路；

4)推荐可潜在获益的靶向药物，基于阳性基因、阳性蛋白和阳性信号通路三种证据，进行药物有效性等级评估，包含的证据越多，则药物有效性等级级别最高。

2.根据权利要求1所述的对临床样本基因和蛋白高通量检测结果的联合分析方法，其特征在于，包括以下步骤：

1)获得肿瘤患者的样本，对所述样本进行下一代基因测序(NGS)和蛋白质组质谱检测，获取基因和蛋白高通量、全景测序数据；

2)对基因高通量测序数据进行标准生物信息学流程分析，获得基因变异信息，得到致瘤性的阳性基因；对蛋白高通量测序数据进行蛋白定性、定量信息提取，获得蛋白突变后的氨基酸序列多肽及表达量差异显著的蛋白列表，得到阳性蛋白；通过对信号通路所涉及蛋白的表达量进行统计学分析，筛选出具有显著统计学差异的阳性信号通路；如明确检出与肿瘤相关的基因突变，则进一步分析阳性蛋白和/或阳性信号通路，验证基因蛋白结果的一致性；

3)如果未明确检出与肿瘤相关的基因突变，基于蛋白检测结果，比对基因-蛋白联合数据库，利用生物统计学分析，发现该患者具有统计学差异的、个性化的阳性蛋白和/或阳性信号通路；

4)对上述筛选出的个性化阳性基因、阳性蛋白及阳性信号通路推荐可潜在获益的靶向药物，依据基因、蛋白及信号通路阳性结果进行药物有效性等级评估，同时包含基因、蛋白及信号通路证据或三者中的两个证据，则药物有效性等级级别最高，为A级；仅包含基因证据或同时包含蛋白和信号通路证据，则为B级；仅包含蛋白证据或仅包含信号通路证据，则药物有效性等级级别最低，则定义为C级。

3.根据权利要求2所述的对临床样本基因和蛋白高通量检测结果的联合分析方法，其特征在于，步骤2)中，所述致瘤性的阳性基因，是通过查找公共数据库及已发表文献，确定基因突变的致瘤性。

4.根据权利要求2所述的对临床样本基因和蛋白高通量检测结果的联合分析方法，其特征在于，步骤2)中，所述蛋白突变后的氨基酸序列多肽及表达量差异显著的蛋白列表，为肿瘤组织与癌旁组织/健康对照之间蛋白突变后的氨基酸序列多肽及表达量差异显著的蛋白列表。

5.根据权利要求2所述的对临床样本基因和蛋白高通量检测结果的联合分析方法，其特征在于，步骤2)中，基于KEGG数据库中收录的与人类肿瘤相关的信号通路，通过对受检者中信号通路所涉及蛋白的表达量进行统计学分析。

6.根据权利要求2所述的对临床样本基因和蛋白高通量检测结果的联合分析方法，其特征在于，步骤3)中，所述比对基因-蛋白联合数据库，为比对同类癌种健康对照/癌旁组织基因-蛋白联合数据库。

7.根据权利要求2所述的对临床样本基因和蛋白高通量检测结果的联合分析方法，其特征在于，步骤4)中，依据NCCN/CSCO等国际公认的临床实践指南、FDA/NMPA批准的药物适应症及文献报道的相关临床试验研究结果，对筛选出的个性化阳性基因、阳性蛋白及阳性信号通路推荐可潜在获益的靶向药物。