[发明专利]一种使用DNA特征序列鉴定植物的方法

权利要求书

1.一种辅助鉴定待测药用植物物种的方法，为检测待测药用植物的叶绿体基因组中是否含有目标物种的DSS或其反向互补序列，进行如下判断：如果待测药用植物的叶绿体基因组中含有目标物种的DSS或其反向互补序列，则待测药用植物的物种为或疑似为目标物种；如果待测药用植物的叶绿体基因组中不含有目标物种的DSS或其反向互补序列，则待测药用植物的物种不为或疑似不为目标物种；

所述目标物种的DSS为长度为20-100bp、目标物种的核酸序列中存在且非目标物种的核酸序列中不存在的核酸序列片段；

获得目标物种的DSS的步骤依次如下：

(1)从数据库下载或大量数据中分析获取若干个药用植物物种的叶绿体基因组序列；

(2)针对同一药用植物物种，从每个药用植物个体的叶绿体基因组序列上的每个位点开始截取长度为40bp的序列片段；将所有个体产生的片段合并，进行100％相似度聚类，保留在所有个体中出现的序列片段，命名为药用植物物种的序列片段组合；

(3)将若干个药用植物物种的序列片段组合合并，进行100％相似度聚类；如果某药用植物物种的某序列片段与其他药用植物物种的序列片段组合中的任一序列片段无法聚类，则该序列片段为该物种的DSS；

(4)每个药用植物物种制备三种高通量数据集，分别为通用背景数据集、近缘物种数据集和物种数据集；其中通用背景数据集和近缘物种数据集来自于非目标物种；通用背景数据集包含来自常见作物、水果、蔬菜的测序序列的数据集；近缘物种数据集包含来自同属其他药用植物测序序列的数据集；物种数据集为来自本物种测序序列的数据集；检测步骤(3)获得的该物种的DSS是否存在于通用背景数据集、近缘物种数据集和物种数据集中，如果该物种的DSS存在于物种数据集中且不存在于通用背景数据集和近缘物种数据集中，则该物种的DSS为目标物种的可靠DSS；

所述检测待测药用植物的叶绿体基因组中是否含有目标物种的DSS或其反向互补序列的方法为A1)或A2)：

A1)根据目标物种的DSS在叶绿体基因组中的位置合成上游引物和下游引物组成的特异引物对，之后采用特异引物对对待测药用植物的叶绿体基因组进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；测序；

A2)直接测序。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述目标物种为白术。

3.如权利要求2所述的方法，其特征在于：所述白术的DSS为DSS1、DSS2、DSS3、DSS4或DSS5；

DSS1的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示；

DSS2的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示；

DSS3的核苷酸序列如SEQ ID NO:7所示；

DSS4的核苷酸序列如SEQ ID NO:10所示；

DSS5的核苷酸序列如SEQ ID NO:13所示。

4.如权利要求3所述的方法，其特征在于：

检测DSS1的特异引物对为引物对1，由SEQ ID NO:2所示的单链DNA分子和SEQ ID NO:3所示的单链DNA分子组成；

检测DSS2的特异引物对为引物对2，由SEQ ID NO:5所示的单链DNA分子和SEQ ID NO:6所示的单链DNA分子组成；

检测DSS3的特异引物对为引物对3，由SEQ ID NO:8所示的单链DNA分子和SEQ ID NO:9所示的单链DNA分子组成；

检测DSS4的特异引物对为引物对4，由SEQ ID NO:11所示的单链DNA分子和SEQ ID NO:12所示的单链DNA分子组成；

检测DSS5的特异引物对为引物对5，由SEQ ID NO:14所示的单链DNA分子和SEQ ID NO:15所示的单链DNA分子组成。

5.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述目标物种为人参。