[发明专利]一种筛查牡蛎不饱和脂肪酸含量相关甲基化修饰基因的方法

说明书

本发明属于贝类的表观遗传育种领域，具体地说，涉及一种筛查牡蛎不饱和脂肪酸含量相关甲基化修饰基因的方法。构建用于筛查不饱和脂肪酸含量相关甲基化修饰基因的牡蛎群体，随机选取部分稚贝分别在不同的海区环境养殖20‑120天后检测其不饱和脂肪酸含量，选择不饱和脂肪酸含量差异最大的两个环境的个体分别形成3‑6个平行组样品，采用多组学方法分析在两个环境间均存在甲基化和转录水平显著差异的候选基因，对获取的候选基因采用实时定量PCR和BSP方法进行候选甲基化调控基因验证，即获得牡蛎不饱和脂肪酸含量相关甲基化修饰基因。本方法可高效筛查牡蛎不饱和脂肪酸含量相关甲基化修饰基因，可为牡蛎的表观遗传育种技术构建提供重要支持。

技术领域

本发明属于贝类的表观遗传育种领域，具体地说，涉及一种筛查牡蛎不饱和脂肪酸含量相关甲基化修饰基因的方法。

背景技术

牡蛎是世界上最重要的海水养殖贝类之一，我国牡蛎产量连续多年稳居世界首位，占同期世界产量的81％。牡蛎富含多种不饱和脂肪酸，是牡蛎品质的重要决定因素，且对人体健康具有重要作用，具有降低血中胆固醇和甘油三酯，改善血液微循环，提高脑细胞的活性，增强记忆力和思维能力等作用。

牡蛎自然分布在潮间带和潮下带的浅水区，其复杂而剧烈的温度、盐度及干露等环境条件的变化，可对牡蛎的表型产生显著影响。目前牡蛎的不饱和脂肪酸含量的研究多采用基因组选择、GWAS和QTL等传统遗传学方法解析表型和基因型的遗传机制，但因牡蛎生活环境的变异性较大，表观遗传可能对牡蛎的表型产生显著影响，而传统基于遗传学方法的牡蛎育种忽略了这部分的作用，导致育种的准确率和效率偏低，无法实现牡蛎不饱和脂肪酸含量的精准育种。目前牡蛎的DNA甲基化等表观遗传机制对牡蛎不饱和脂肪酸含量的影响机制尚无报道，因此，亟需筛查牡蛎不饱和脂肪酸含量等品质性状相关甲基化修饰基因的方法。

发明内容

本发明目的在于提供高一种筛查牡蛎不饱和脂肪酸含量相关甲基化修饰基因的方法。

为实现上述目的，本发明采用技术方案为：

一种筛查牡蛎不饱和脂肪酸含量相关甲基化修饰基因的方法，将供筛选的牡蛎群体稚贝随机选取相同数目作为不同组别分别养殖在不同的海区环境下20-120天，而后对养殖期间存活率高于90％的组别检测其不饱和脂肪酸含量，对不饱和脂肪酸含量差异最大的两个环境组别的牡蛎个体分别进行全基因组甲基化测序和转录组测序，先筛查在两种组学中均显著差异的基因集，同时在转录组显著差异的基因中筛查已知的脂肪酸代谢通路相关的基因，并从中筛查存在甲基化差异位点的基因集，将以上两个基因集的基因用实时定量PCR和BSP方法，分别验证在基因表达具有显著差异并具有甲基化显著差异位点的基因，即为牡蛎不饱和脂肪酸含量相关的甲基化修饰基因。

所述甲基化测序和转录组测序后，在两种组学中将甲基化的显著差异基因集A和转录组的显著差异基因集B的交集作为基因集C，同时在转录组的显著差异基因集B中查找与脂肪酸代谢通路相关的基因集D，取D中存在甲基化差异位点的基因(即，用MethylKit软件对其进行甲基化差异位点的检测，若发现局部甲基化差异显著，则获得与不饱和脂肪酸含量相关甲基化修饰的候选基因)，获得基因集E；取C和E的并集为基因集F，采用实时定量PCR和BSP克隆测序法对基因集F进行基因表达量和甲基化水平分析，取基因表达差异显著，且存在甲基化显著差异位点的基因，即为牡蛎不饱和脂肪酸含量相关甲基化修饰基因G。

所述供筛选的牡蛎群体稚贝为雌雄亲本数均大于30个，雌雄配子熟化后将雌配子混合，并均分为N份，N为雄性亲本数，在每份混合配子中分别加入一个雄性个体的精子，N份受精卵单独孵化到D型幼虫后进行等量混合为所需群体材料，直至培育至牡蛎稚贝壳高0.5-5cm，待用。

所述构建筛查不饱和脂肪酸含量相关甲基化修饰基因的牡蛎群体采用解剖性腺和人工授精的方法。

所述不同的海区环境为不同海区的潮下带或潮间带的不同潮位。