[发明专利]一种与细毛羊羊毛性状相关的SNP标记及其检测引物组、试剂盒、检测方法和应用

说明书

本发明提供了一种与细毛羊羊毛性状相关的SNP标记及其检测引物组、试剂盒、检测方法和应用，属于分子标记检测技术领域；所述SNP分子标记位于绵羊第3号染色体第61927840bp位点；所述位点上存在T/C碱基突变，与细毛羊羊毛性状具有显著的相关性。本发明的SNP标记能够用于绵羊分子标记辅助育种。本发明提供的分子标记不受绵羊的年龄、性别等限制，能够用于细毛羊选育，甚至刚出生即可进行准确地筛选，能够显著促进细羊毛选育的育种进程。

技术领域

本发明涉及分子标记检测技术领域，具体地说，涉及一种与细毛羊羊毛性状相关的SNP标记及其检测引物组、试剂盒、检测方法和应用。

背景技术

EDAR基因是调控毛囊发育的关键基因之一，存在于皮肤组织中，在毛囊的外胚层中特异表达，EDAR基因在在早期初级毛囊的发生、成体毛囊周期性生长和被毛纤维直径等方面都发挥重要的调控作用。该基因突变后会影响外胚层衍生物的发育和体内稳态，引起少汗性外胚层发育不良(HED)，其特征是早期皮肤外胚层附属物发育严重缺陷,包括头发、指甲、牙齿、外分泌腺等。在细毛羊、半细毛羊和蒙古羊群体中进行选择信号筛选，发现EDAR基因座位的多态性变异对细毛羊毛囊发育的影响达到显著水平。

羊毛是毛用羊的主要的经济产物，且作为一种重要原材料用于纺织产业，而羊毛品质则是决定纺织品质量的最主要因素。粗毛羊和细毛羊的毛纤维细度和长度差异显著。最明显的差异表现在由初级毛囊发育形成的外层羊毛。毛囊的发育是一个复杂的生物过程，涉及到许多不同的蛋白质。近年来，分子遗传技术的飞速发展，使DNA分子标记技术在细毛羊遗传多样性研究中起着重要作用，为更好地开发和利用优良品种的优良经济特性及保护和合理的利用品种资源。因此有必要开发细毛羊特异的分子标记，应用于细毛羊的选育，并为毛用绵羊的分子育种提供一定的理论依据。

发明内容

本发明的目的在于提供一种与细毛羊羊毛性状相关的SNP标记及其检测引物组、试剂盒、检测方法和应用。

为了实现上述发明目的，本发明提供以下技术方案：

本发明提供了一种与细毛羊羊毛性状相关的SNP标记，所述SNP分子标记位于绵羊第3号染色体第61927840bp位点；所述位点上存在T/C碱基突变，与细毛羊羊毛性状具有显著的相关性；所述SNP分子标记基于绵羊基因组序列信息版本号Oar_v4.0，2015年11月。

本发明还提供了用于检测上述方案所述SNP标记的引物组，包括正向引物和反向引物；所述正向引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示；所述反向引物的核苷酸序列如SEQID No.2所示。

本发明还提供了一种用于检测上述方案所述SNP标记的试剂盒，所述试剂盒包括上述方案所述的引物组。

优选的，所述试剂盒还包括dNTPs、Phanta Max Super-Fidelity DNA聚合酶和PCR反应缓冲液。

优选的，所述试剂盒还包括标准阳性模板。

本发明还提供了一种用于检测上述方案所述SNP标记的方法，包括以下步骤：

1)提取待测绵羊的基因组DNA；

2)以待测绵羊的基因组DNA为模板，利用上述方案所述引物组进行PCR扩增反应，获得PCR扩增产物；

3)检测所述PCR扩增产物的第120bp处的基因型，得到所述SNP位点的基因型。

优选的，步骤2)中所述PCR扩增反应的体系以25μl计包括以下组分：待测绵羊的基因组DNA 1μl，正向引物和反向引物各1μl，dNTP mix 0.5μl，Phanta Max Super-FidelityDNA聚合酶0.5μl，2×PCR反应缓冲液12.5μl和余量的双蒸水；