[发明专利]一种用于检测药物代谢相关SNP位点的引物组及其方法

说明书

本发明公开了一种用于检测药物代谢相关SNP位点的引物组及其方法，属于生物技术领域，该方法用于检测任意人群特定药物代谢相关的14个SNP位点是否发生突变，其引物序列如SEQIDNo.1～42。本发明提供的一种用于检测药物代谢相关SNP位点的引物组及其方法不仅可以对患病人群提供精准用药，从计量、药效、不良反应等多方面给予个性化用药提醒，改善患者疗效并减少或避免药物副作用；还可以对健康人群提供风险评估，有效规避潜在用药的不当风险。本申请能够达到通过一个反应测出14个位点、高准确性、高通量、低成本、快速和适用于所有人群的效果。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，尤其涉及一种用于检测药物代谢相关SNP位点的引物组及其方法。

背景技术

世界卫生组织统计，1/3死亡病例的死因是不合理用药。如果所有人群都能安全用药，每年可以避免上千万的人死亡。

个性化用药基因检测，是利用基因测序技术，检测不同个体的药物敏感位点基因型，为诊断和用药提供药物疗效及代谢相关的参考信息，从而个性化的“对症下药”。通过基因检测，医生可以：(1)根据代谢酶或药物作用受体或靶点的基因多态性情况，指导合适的用药剂量；(2)确认具有某些基因型的患者是否会发生不良的用药反应；(3)确认某些基因特性的患者采用某种治疗方案更容易获益，可以指导药物选择合和剂量调整以达到理想疗效；(4)检测病毒耐药性并选择合适的药物。通过揭示个体的遗传差异，指导个体化医疗方案的制定，提高用药的安全性和有效性，避免严重不良反应，减少药物治疗的风险和费用。

Sequenom SNP检测系统基本原理为基质辅助激光解吸附/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术。主要特点是，PCR扩增后的产物，加入SNP序列特异延伸引物，在SNP位点上，延伸1个碱基。然后将制备的样品分析物与芯片基质共结晶，将该晶体放入质谱仪的真空管,而后用瞬时纳秒(10^-9s)强激光激发，由于基质分子经辐射所吸收的能量，导致能量蓄积并迅速产热，从而使基质晶体升华，核酸分子就会解吸附并转变为亚稳态离子，产生的离子多为单电荷离子，这些单电荷离子在加速电场中获得相同的动能，进而在一非电场漂移区内按照其质荷比率加以分离，在真空小管中飞行到达检测器。MALDI产生的离子常用飞行时间(Time-of-Flight,TOF)检测器来检测，离子质量越小，就越快到达。理论上讲，只要飞行管长度足够，TOF检测器可检测分子的质量数是没有上限的。MASSARRAY SNP检测的质谱范围为5000到8500Dalton。由于质谱技术与多引物延伸技术和Mass ARRAY技术结合使用，可以在一个反应体系中同时检测多个突变位点，大大减轻了工作量，提高了检测通量，并降低了检测费用。

发明内容

鉴于目前人类不合理用药存在的不足，本发明提供一种用于检测药物代谢相关SNP位点的引物组及其方法，本发明应用基质辅助激光解吸附/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术，通过设计PCR引物和单碱基延伸引物而进行SNP基因型分析，能够达到通过一个反应测出14个位点、高准确性、高通量、低成本、快速和适用于所有人群的效果。

为达到上述目的，本发明采用如下技术方案：

一种用于检测药物代谢相关SNP位点的引物组，所述药物代谢相关SNP位点包括：12s rRNA、rs267606617、rs1876828、rs4244285、rs4986893、rs1799853、rs1057910、rs1065852、rs776746、rs37973、rs3909184、rs2844682、rs730012、rs3812718；所述引物组序列如SEQ ID NO.1～28。

依照本发明的一个方面，所述引物组还包括SEQ ID NO.29～42所示的14个单碱基延伸引物。