[发明专利]绿豆叶斑病抗性基因VrTAF5的两个PARMS-SNP分子标记

说明书

本发明公开绿豆叶斑病抗性基因VrTAF5的两个PARMS‑SNP分子标记，属于分子遗传育种领域；所述两个分子标记PARMS‑1517和PARMS‑10010包括的SNP位点分别位于绿豆第6号染色体32622352和32613913位碱基，所述PARMS‑1517标记前后共240bp的序列见SEQ ID NO.1，131位为SNP位点，多态性为A/C，所述PARMS‑10010标记前后共240bp的序列见SEQ ID NO.2，117位为SNP位点，多态性为A/G；所述PARMS‑SNP分子标记特异性高，检测结果准确可靠，可用于绿豆叶斑病抗性品种快速筛选，分子标记辅助选择育种，缩短育种周期。

技术领域

本发明涉及分子遗传育种领域，特别是涉及绿豆叶斑病抗性基因VrTAF5的两个PARMS-SNP分子标记。

背景技术

绿豆叶斑病是绿豆生产中主要的真菌病害，在我国及亚洲各绿豆产区均有发生。该病害由尾孢菌属的几个种引起，其中变灰尾孢菌(Cercospora canescens Ell.etMartin)是最主要的病原菌，主要侵染植株的叶片，以开花结荚期受害最严重。在绿豆生产中，采用抗性品种能够有效降低病害的发生。虽然已发现多个绿豆抗叶斑病的种质资源，但截至目前，只有一个研究中报道了抗性QTL-qCLS，可以解释65.5-80.5％的抗病表型变异。

绿豆叶斑病表型鉴定费时费力，田间鉴定还易受到环境的影响。因此相比于表型鉴定，开发与抗病性状相关的分子标记具有准确、经济、快速的优势。功能性分子标记是指根据与表型性状紧密相关的功能基因内部的多态性序列开发的分子标记，其优点在于可以准确、可靠的锁定目标基因、准确反应功能性等位基因的遗传变异且遗传效应值更加可靠。SNP是单核苷酸变异产生的多态性，较难通过常规的PCR技术与凝胶电泳技术利用长度的差异来区分其多态性。五引物扩增受阻突变体系技术(Penta-primer amplificationrefractory mutation system，PARMS)是一种新型的SNP分型技术，相对于国外进口检测试剂(KASP)成本更低，且碱性裂解DNA时，PARMS比KASP的基因型聚类更密集。

发明内容

本发明的目的是提供一种绿豆叶斑病抗性基因VrTAF5的PARMS-SNP分子标记及其引物，以解决上述现有技术存在的问题，所述绿豆叶斑病抗性基因VrTAF5的PARMS-SNP分子标记及其引物可以快速鉴定绿豆抗性品种，满足辅助绿豆分子育种、缩短育种周期的需要。

为实现上述目的，本发明提供绿豆叶斑病抗性基因VrTAF5的两个PARMS-SNP分子标记，所述两个PARMS-SNP分子标记包括SNP位点PARMS-1517和PARMS-10010；所述PARMS-1517前后共240bp的序列如SEQ ID NO.1所示，第131位即为SNP位点，多态性为A/C；所述PARMS-10010前后共240bp的序列如SEQ ID NO.2所示，第117位即为SNP位点，多态性为A/G。

本发明还提供一种用于检测权利要求1所述两个PARMS-SNP分子标记的引物组，所述引物组包括PARMS-1517引物组和PARMS-10010引物组；其中，所述PARMS-1517引物组包括引物PARMS-1517F1、PARMS-1517F2和PARMS-1517R：PARMS-1517F1的核苷酸序列如SEQ IDNO.3所示，PARMS-1517F2的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示，所述PARMS-1517FR的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示；所述PARMS-10010引物组包括引物PARMS-10010F1、PARMS-10010F2和PARMS-10010R；所述PARMS-10010F1的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示，所述PARMS-10010F2的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示，所述PARMS-10010R的核苷酸序列如SEQ IDNO.8所示。

本发明还提供一种根据所述的两个PARMS-SNP分子标记或根据所述的引物组在辅助绿豆育种中的应用。