[发明专利]基于全基因组测序筛选的与霞烟鸡体重、体尺相关的SNP分子标记组合及应用

说明书

本发明提供了基于全基因组测序筛选的与霞烟鸡体重、体尺相关的SNP分子标记组合，由67个SNP标记组成，它们的信息如表4所示，这些SNP分子标记组合可用于霞烟鸡的分子标记辅助育种，在早期可以直接在基因组水平上选育个体，不依赖表型信息，可显著提高选择效率，加快育种进程，节省中间饲养费用，提高了育种效率，降低了育种成本，具有广泛的应用前景。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，涉及基于全基因组测序筛选的与霞烟鸡体重、体尺相关的SNP 分子标记组合及应用。

背景技术

广西具有丰富的地方鸡种质资源，霞烟鸡原名下烟鸡，又名肥种鸡，属肉用型鸡种，是我国十大黄羽肉鸡之一。产区主要位于广西壮族自治区容县境内，根据史料记载，霞烟鸡形成于晚清期间。霞烟鸡胫黄色或白色，皮肤黄色或白色，肉为白色，羽毛整齐。羽毛淡黄色或深黄色，体躯结实，体型紧凑，体躯以胸宽腹圆著称。单冠直立，冠齿5～7个，公鸡冠粗大肥厚，母鸡冠小而红润，耳叶红色，耐粗饲，易饲养，适应性广，宜于山地林间放养，抗病能力强；肉质肥嫩，骨细而软，味道香甜。

体重和体尺性状是动物遗传选育中重要的表型性状，与重要经济性状有着密切的关系，也是衡量鸡体健康状况的标志。活体重是肉鸡上市的重要指标，同时，体尺性状(胫围、胫长、体斜长等)作为能够准确反应肉鸡体型外观的量化指标，在遗传选育过程中也具有重要作用。

利用传统的选育方法，国内外已经成功地培育了大量的畜禽品种。但是，传统育种主要凭借育种经验依据表型对后代进行选择，无法对目标基因的基因型进行直接选择，因此，选育耗时长，表型的测量复杂，选择效率和准确性较低。目前，将分子生物学技术应用于育种中，可在分子水平上进行育种，通过分子标记辅助育种或遗传修饰育种(转基因育种)，可以大大提高育种的选择效率，缩短选育时间。通过有效利用分子标记辅助育种，可以加快霞烟鸡鸡在体重、体尺相关性状上的选育进程，提高生产应用的价值。

在早期关于复杂表型的研究中，主要利用QTL定位(QTL mapping)来寻找表型变异和基因组变异之间的关联。自20世纪90年代，QTL的连锁分析法广泛应用于鸡生长、胴体、肉质等性状的研究中。虽然该方法是一种经典的基因定位方法，但其更适用于单基因疾病或单基因控制性状的遗传研究，所以其对于复杂疾病和遗传力低的性状，检测效果有限，获得的QTL置信区间较大，可能包括数以百计的基因，不利于后续功能基因的精准定位，同时，在不同群体中的可重复性较差。

相比QTL连锁分析的方法，全基因组关联分析(Genome-wide associationstudies,GWAS)具有从整个基因组水平检测SNP和整体分析关联性的特点，不再是单一的考虑个别SNP的关联性，具有结果更加可靠等优点。GWAS最早由Risch等人提出，其概念是应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态性 (SNP)为分子遗传标记，进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析，通过比较发现影响复杂性状的基因变异的一种新策略，目前已经成为畜禽目的性状精细定位强有效的方法之一。

发明内容

本发明的目的在于针对现有技术的不足，提供基于全基因组测序筛选的与霞烟鸡体重、体尺相关的 SNP分子标记组合。

本发明的另一个目的在于提供上述SNP标记组合的应用。