[发明专利]核酸组合物

说明书

在一些方面，本文提供了包含起始转录序列核酸组合物和独特核酸设计用于核糖核酸的高产率和具有成本效益的生产。

相关申请

本申请根据美国法典第35篇第119条(e)款要求2019年12月6日提交的美国临时申请号62/944,824的权益，该临时申请通过引用以其全文并入本文。

背景技术

低成本RNA产品的可用性对于跨越农业和生物制药科学的众多应用至关重要。在农业中，RNA干扰(RNAi)可用于经靶向地控制害虫和昆虫，这些害虫和昆虫对传统化学杀虫剂的抗性越来越强，并且可用于影响作物中特定所需表型(例如，提高保质期、颜色、新鲜度)。在生物制药中，mRNA产品可用作治疗不同疾病的疫苗以及治疗剂。然而，RNA合成的高成本是RNA产品广泛使用和开发的主要障碍。开发具有成本效益的RNA产品合成工艺可以广泛扩展和使用这些技术和其他技术。

发明内容

本公开的一些方面提供了用于增强目标RNA表达的重组DNA核酸构建体设计。在一些实施方案中，构建体包含：第一表达盒，其包含可操作地连接到在编码双链RNA(dsRNA)的正义链的核苷酸序列上游的起始转录序列(ITS)的启动子；以及第二表达盒，其包含可操作地连接到在编码该dsRNA的反义链的核苷酸序列上游的起始转录序列(ITS)的启动子，其中该dsRNA的正义链与该dsRNA的反义链互补。

在一些实施方案中，第一表达盒和第二表达盒中的一者或两者都还包含编码该dsRNA链的核苷酸序列下游的终止子序列。在一些实施方案中，第一表达盒和第二表达盒中的一者或两者都还包含限制性内切酶识别位点。在一些实施方案中，第一表达盒和第二表达盒中的一者或两者都包含编码该dsRNA链的核苷酸序列下游的终止子序列，并且还包含核酸内切酶识别位点。

在一些实施方案中，起始转录序列的长度为1-15个核苷酸的长度。在一些实施方案中，起始转录序列包含SEQ ID NO:1-8或38-41中任一项的核苷酸序列。

在一些实施方案中，第一表达盒和第二表达盒位于单个DNA分子内并且朝向相同方向；其中相同的DNA链在每个表达盒的转录期间用作模板链。在其他实施方案中，第一表达盒和第二表达盒位于单个DNA分子内并且朝向相反方向；其中不同的DNA链在每个表达盒的转录期间用作模板链。

在一些实施方案中，编码第一表达盒的正义链的核苷酸序列的侧翼为ITS和ITS的反向互补序列，并且第二表达盒的反义链的侧翼为ITS和ITS的反向互补序列。在一些实施方案中，第一表达盒还包含编码正义链的核苷酸序列下游的一个或多个终止子序列，并且第二表达盒还包含编码反义链的核苷酸序列下游的一个或多个终止子序列。在一些实施方案中，终止子序列包含rrnBT1、rrnBT2、TT7、T7U、TT3和/或PTH终止子序列。在一些实施方案中，终止子序列包含SEQ ID NO:19-30中任一项的核苷酸序列。

在一些实施方案中，构建体还包含选择标记，任选地其中该选择标记位于第一表达盒和第二表达盒之间。在一些实施方案中，选择标记是抗生素抗性选择标记或无抗生素选择标记。

在一些实施方案中，第一表达盒的启动子、第二表达盒的启动子中一者或第一表达盒的启动子和第二表达盒的启动子两者都是噬菌体T7启动子。

在一些实施方案中，构建体选自质粒、粘粒、细菌人工染色体、酵母人工染色体、天然染色体、噬菌体和病毒。在一些实施方案中，构建体是高、中或低拷贝数质粒。在一些实施方案中，质粒是基于PUC的质粒。

在一些实施方案中，dsRNA靶向昆虫、植物、真菌或病毒的基因组序列。