[发明专利]用于核酸扩增的方法和系统

权利要求书

1.一种扩增存在于直接从受试者获得的生物样品中的靶核糖核酸(RNA)的方法，其包括：

(a)提供包含所述生物样品和对于与脱氧核糖核酸(DNA)扩增平行地进行逆转录扩增所必需的试剂的反应容器，以获得反应混合物，所述试剂包含(i)逆转录酶，(ii)DNA聚合酶，和(iii)针对所述靶RNA的引物组；及

(b)使所述反应容器中的所述反应混合物经历多个循环的引物延伸反应，以生成指示存在所述靶RNA的扩增DNA产物，每个循环包括：(i)将所述反应混合物在变性温度下孵育少于或等于60秒的变性持续时间，随后(ii)将所述反应混合物在延伸温度下孵育少于或等于60秒的延伸持续时间，从而扩增所述靶RNA。

2.一种扩增存在于直接从受试者获得的生物样品中的靶核糖核酸(RNA)的方法，其包括：

(a)接收已从所述受试者获得的所述生物样品；

(b)提供包含所述生物样品和对于进行逆转录扩增和任选的脱氧核糖核酸(DNA)扩增所必需的试剂的反应容器，以获得反应混合物，所述试剂包含(i)逆转录酶和(ii)针对所述靶RNA的引物组；

(c)使所述反应混合物经历多个循环的引物延伸反应，以产生指示在所述生物样品中存在所述靶RNA的可检测量的扩增DNA产物；

(d)检测(c)的扩增DNA产物的所述量；及

(e)将关于扩增DNA产物的所述量的信息输出至接收者，

其中，用于完成(a)-(e)的时间量小于或等于约30分钟。

3.一种扩增存在于从受试者获得的生物样品中的靶核酸的方法，其包括：

(a)提供包含所述生物样品和对于进行核酸扩增所必需的试剂的反应容器，以获得反应混合物，所述试剂包含(i)脱氧核糖核酸(DNA)聚合酶和任选的逆转录酶，和(ii)针对所述靶核酸的引物组；及

(b)使所述反应容器中的所述反应混合物经历多个系列的引物延伸反应，以生成指示在所述生物样品中存在所述靶核酸的扩增产物，每个系列包括两个或更多个如下的循环：(i)在以变性温度和变性持续时间为特征的变性条件下孵育所述反应混合物，随后(ii)在以延伸温度和延伸持续时间为特征的延伸条件下孵育所述反应混合物，其中就所述变性条件和/或所述延伸条件而言，单个系列不同于所述多个系列中的至少一个其他单个系列。

4.一种用于扩增存在于直接从受试者获得的生物样品中的靶核糖核酸(RNA)的系统，其包括：

(a)输入模块，其接收扩增所述生物样品中的所述靶RNA的用户请求；

(b)扩增模块，其响应于所述用户请求：

在反应容器中接收反应混合物，该反应混合物包含所述生物样品和对于与脱氧核糖核酸(DNA)扩增平行地进行逆转录扩增所必需的试剂，所述试剂包含(i)逆转录酶，(ii)DNA聚合酶，和(iii)针对所述靶RNA的引物组；及

使所述反应容器中的所述反应混合物经历多个循环的引物延伸反应，以生成指示存在所述靶RNA的扩增DNA产物，每个循环包括：(i)将所述反应混合物在变性温度下孵育少于或等于60秒的变性持续时间，随后(ii)将所述反应混合物在延伸温度下孵育少于或等于60秒的延伸持续时间，从而扩增所述靶RNA；及

(c)可操作地耦合至所述扩增模块的输出模块，其中所述输出模块将关于所述靶RNA或所述DNA产物的信息输出至接收者。