[发明专利]一种鉴别东北地区黄芩的SSR分子标记引物及方法在审
| 申请号： | 202011048452.9 | 申请日： | 2020-09-29 |
| 公开（公告）号： | CN113684291A | 公开（公告）日： | 2021-11-23 |
| 发明（设计）人： | 王继永;郑司浩;曾燕;刘美娟;尚兴朴;梁焕;赵莎;王浩;李九如;高强;静一;刘国城;孙文静 | 申请（专利权）人： | 中国中药有限公司;深圳华大基因科技服务有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6895 | 分类号： | C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11 |
| 代理公司： | 北京知联天下知识产权代理事务所(普通合伙) 11594 | 代理人： | 张陆军;张迎新 |
| 地址： | 100195 北京市海*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 鉴别 东北地区 黄芩 ssr 分子 标记 引物 方法 | ||
1.一种鉴别东北地区黄芩的SSR分子标记引物，其特征在于，包括以下引物对：
2.根据权利要求1所述的SSR分子标记引物，其特征在于，所述引物对的退火温度为55℃-60℃之间，所述引物对的长度在20bp-25bp之间，PCR产物长度在150bp-350bp之间。
3.利用权利要求1-2任一项所述的SSR分子标记引物鉴别东北地区黄芩的方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：
以待鉴定黄芩样本的总DNA为模板，用所述SSR分子标记引物进行PCR扩增，得到扩增产物；
对所述扩增产物进行毛细管电泳测序分型，得到扩增产物的分型结果；
将所述扩增产物的分型结果用GeneMarker 4.0进行峰图判读，记录等位基因片段大小，得到等位基因矩阵；
根据所述等位基因矩阵，通过GenALEx计算黄芩在每个居群间、每个个体间的遗传多样性数据；
基于GenALEx计算所得的遗传多样性数据中的遗传距离，通过MEGA进行UPGMA聚类分析，构建聚类树。
4.根据权利要求3所述的SSR分子标记引物鉴别东北地区黄芩的方法，其特征在于，所述PCR扩增的反应体系为：ddH2O 11.8μL，10×Taq Buffer 2μL，2mM dNTP 2μL，5uMForward primer 1μL，5uM Reverse primer 1μL，Taq DNA polymerase 0.2μL，DNA 2μL。
5.根据权利要求3所述的SSR分子标记引物鉴别东北地区黄芩的方法，其特征在于，所述PCR扩增的反应程序为：94℃预变性4min；94℃变性0.5min，退火0.5min，72℃延伸1min，重复32个循环；72℃延伸10min。
6.根据权利要求3所述的SSR分子标记引物鉴别东北地区黄芩的方法，其特征在于，利用mCTAB法提取所述待鉴定黄芩样本的总DNA。
7.根据权利要求3所述的SSR分子标记引物鉴别东北地区黄芩的方法，其特征在于，对所述扩增产物进行毛细管电泳测序分型之前，还包括，将所述扩增产物用1％的琼脂糖凝胶进行电泳检测。
8.根据权利要求3所述的SSR分子标记引物鉴别东北地区黄芩的方法，其特征在于，所述记录等位基因片段大小，得到等位基因矩阵具体包括：以二元方式来记录等位基因片段大小，即某一等位基因存在时记为1，某一等位基因不存在时记0，缺失数据记为-9，从而得到等位基因矩阵。
9.根据权利要求3所述的SSR分子标记引物鉴别东北地区黄芩的方法，其特征在于，所述遗传多样性数据包括遗传距离、等位基因数NA、期望杂合度HE、观测杂合度HO和Shannon's指数。
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