[发明专利]一种用于检测水稻抗稻瘟病基因Pita的KASP分子标记和检测方法

权利要求书

1.一种用于检测水稻抗稻瘟病基因Pita的KASP分子标记Pita-YY-KASP，其特征在于，所述分子标记包括：

正向引物1：5'-GGTACAATAGCAGGTTATAAGCTAGC-3'；

正向引物2：5'-GGTACAATAGCAGGTTATAAGCTAGG-3'，和

通用反向引物：5'-TACAGATCTGTAGGCTGCTGCTCTT-3'。

2.根据权利要求1所述的分子标记，其特征在于，所述Pita位点上的抗感两基因在第4426个碱基到第4429个碱基间存在一段序列差异，抗病基因的这段序列为GCC，感病基因的这段序列为CTAT。

3.根据权利要求1所述的分子标记，其特征在于，正向引物1的5'端带有FAM荧光信号标签，序列为：5'-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-3'。

4.根据权利要求1所述的分子标记，其特征在于，正向引物2的5'端带有HEX荧光信号标签，序列为：5'-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-3'。

5.权利要求1-4中任一项所述分子标记在快速检测水稻抗稻瘟病基因Pita中的应用。

6.一种快速检测水稻抗稻瘟病基因Pita的方法，其特征在于，该方法包括以下步骤：

(1)提取水稻植株基因组DNA；

(2)用PCR引物对水稻植株基因组DNA进行PCR扩增；所述PCR引物序列为：

正向引物1：5'-GGTACAATAGCAGGTTATAAGCTAGC-3'；

正向引物2：5'-GGTACAATAGCAGGTTATAAGCTAGG-3'，和

通用反向引物：5'-TACAGATCTGTAGGCTGCTGCTCTT-3'；

所述正向引物1的5'端带有FAM荧光信号标签，序列为：

5'-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-3'；所述正向引物2的5'端带有HEX荧光信号标签，序列为：5'-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-3'；

(3)用酶标仪对反应产物进行检测，根据SNPviewer软件确定检测水稻样品的基因型。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，步骤(2)中PCR反应程序为：94℃预变性15min；94℃变性20s；61-55℃退火延伸60s，10个循环，每个循环降低0.6℃；94℃变性20s；55℃退火延伸60s，26个循环。

8.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，步骤(3)中根据颜色分类，聚合在接近X轴的显示蓝色的样本的基因型为连接FAM荧光标签序列的等位基因型，聚合在接近Y轴上的显示红色的样本的基因型为连接HEX荧光标签序列的等位基因型，中间显示绿色的样本的基因型为两种等位基因的杂合型。