[发明专利]一种检测covid-2019冠状病毒的RNA探针及其制备方法与应用

说明书

本发明公开了一种检测covid‑2019冠状病毒的RNA探针及其制备方法与应用，属于核酸杂交技术领域。RNA探针核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，制备过程包括：设计引物、构建重组质粒、PCR扩增和体外转录；本发明将制备得到的探针应用于检测covid‑2019中，能够在单细胞水平检测covid‑2019病毒核酸，提高了检测的灵敏度、准确性和特异性。

技术领域

本发明涉及核酸杂交技术领域，具体涉及一种检测covid-2019冠状病毒的RNA探针及其制备方法与应用。

背景技术

2019新型冠状病毒(covid-2019)，其潜伏期长、侵染力强，主要攻击动物体的肺部，引起肺部感染。

目前鉴定新型冠状病毒有荧光定量PCR法和抗体检测方法，其中核酸检测方法为检验病毒方法的金标准，但是现有方法中仍存在诸多问题，诸如：

(1)荧光定量PCR能够鉴定疑似患者体内的核酸，该方法需要提取细胞中的RNA，随后进行反转录，然后进行PCR鉴定，在这些实验操作中RNA的损失比较多，如果疑似患者处于感染早期或者体内本身含有病毒量比较少，很容易导致RNA在提取过程中丢失，导致假阴性结果出现。

(2)由于新型冠状病毒是RNA病毒，RNA病毒变异速度快，并且该变异能够不断进行累积，荧光定量PCR实验对核酸序列要求比较高，尤其是在PCR引物覆盖的区域要求比较苛刻，如果该区域核酸发生突变，导致PCR扩增效率降低甚至不能扩增出来，从而产生假阴性结果。

(3)荧光定量PCR实验未经过测序鉴定，有可能扩增出非目的片段，出现假阳性现象，造成了检测结果的不准确。

RNA探针是指带有标记的能与组织内相对应的核苷酸序列互补结合的一段单链cDNA或cRNA分子，其是一类很有前途的核酸探针，由于RNA是单链分子，所以它与靶序列的杂交反应效率极高，可以检测到单个细胞中是否含有目的RNA，因此，可以有效检测出待测目的片段。

因此，如何提供一种可以有效检测covid-2019的探针，并将其应用于检测covid-2019中是本领域技术人员亟需解决的问题。

发明内容

有鉴于此，本发明提供了一种检测covid-2019冠状病毒的RNA探针及其制备方法与应用。

为了实现上述目的，本发明采用如下技术方案：

一种检测新型冠状病毒covid-2019的RNA探针，RNA探针的核苷酸序列如SEQ IDNo.1所示。

本发明还提供了上述的RNA探针的制备方法，步骤如下：

1)引物设计与合成：根据covid-2019待测区域核苷酸序列设计合成上游引物和下游引物；

2)构建重组载体：将covid-2019待测区域的核苷酸序列插入至表达载体中，得到带有covid-2019待测区域核苷酸序列的重组载体；

3)PCR扩增：利用步骤1)合成的上游引物和下游引物PCR扩增重组载体，所得PCR扩增产物纯化后得到covid-2019待测区DNA片段；

4)体外转录：以covid-2019待测区DNA片段为模板进行体外转录，合成反义RNA探针。