[发明专利]通过ceRNA调控组合的表达量确定雷公藤多苷片治疗类风湿关节炎的个体有效性的系统有效
申请号: | 202010700250.1 | 申请日: | 2020-07-20 |
公开(公告)号: | CN111968704B | 公开(公告)日: | 2023-05-16 |
发明(设计)人: | 张彦琼;林娜;王晓月;王海隆 | 申请(专利权)人: | 中国中医科学院中药研究所 |
主分类号: | G16B25/10 | 分类号: | G16B25/10;G16B15/30;G16B5/00;G06F18/2411;G16B40/00;C12Q1/6883 |
代理公司: | 北京英创嘉友知识产权代理事务所(普通合伙) 11447 | 代理人: | 耿超 |
地址: | 100700 北*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 通过 cerna 调控 组合 表达 确定 雷公藤 多苷片 治疗 类风湿 关节炎 个体 有效性 系统 | ||
1.一种通过ceRNA调控组合的表达量确定雷公藤多苷片治疗类风湿关节炎的个体有效性的系统,其特征在于,该系统包括计算装置、用于输入类风湿关节炎患者个体的ceRNA调控组合的表达量的输入装置和用于输出雷公藤多苷片治疗类风湿关节炎患者的个体有效性的输出装置;其中,所述ceRNA调控组合为lncRNA-miRNA-mRNA组合;
所述lncRNA-miRNA-mRNA组合包括ENST0000494760、miRNA-654-5p、C1QC;所述计算装置包括存储器和处理器,所述存储器中存储有计算机程序,所述处理器被配置为执行所述存储器中存储的计算机程序,以实现建模算法和如式(1)所示的判别函数的算法;所述建模算法为支持向量机算法和/或最小偏二乘算法;
F(c)=sgn[f1(c1)+f2(c2)+f3(c3)+b]式(1)
式(1)中,F(c)表示雷公藤多苷片治疗类风湿关节炎患者的个体有效性,F(c)返回值为1表示有效,返回值为-1时表示无效;c1、c2和c3依次分别表示ENST0000494760、miRNA-654-5p和C1QC的相对表达量;所述相对表达量是指相对于内参的表达量比值;f1(c1)、f2(c2)和f3(c3)分别为依据所述建模算法训练得到的核函数,b为依据所述建模算法训练得到的临界打分值。
2.根据权利要求1所述的系统,其中,该系统还包括lncRNA-miRNA-mRNA组合的表达量的检测装置。
3.根据权利要求2所述的系统,其中,所述lncRNA-miRNA-mRNA组合的表达量的检测装置包括RNA表达量检测芯片和芯片信号读取器,RNA表达量检测芯片包括分别检测ENST0000494760、miRNA-654-5p和C1QC的表达量的探针。
4.根据权利要求3所述的系统,其中,所述RNA表达量检测芯片还包括质控探针,所述质控探针为检测基因的表达量的探针。
5.根据权利要求2所述的系统,其中,所述lncRNA-miRNA-mRNA组合的表达量的检测装置包括实时定量PCR仪和RNA的实时定量PCR引物,RNA的实时定量PCR引物包括ENST0000494760、miRNA-654-5p和C1QC的表达量的实时定量PCR引物。
6.根据权利要求5所述的系统,其中,所述RNA的实时定量PCR引物,还包括内参引物,所述内参引物为检测U6基因的实时定量PCR引物。
7.根据权利要求1所述的系统,其中,式(1)中,以GAPDH为基因表达量检测内参,f1(c1)=0.0557×c1,f2(c2)=0.5768×c2,f3(c3)=-0.815×c3,b=0.0015;以18S为基因表达量检测内参,f1(c1)=0.0391×c1,f2(c2)=0.6896×c2,f3(c3)=-0.7231×c3,b=-0.0001。
8.一种确定雷公藤多苷片治疗类风湿关节炎的个体有效性的分子标志物,其特征在于,该分子标志物为lncRNA-miRNA-mRNA组合,所述lncRNA-miRNA-mRNA组合由ENST0000494760、miRNA-654-5p和C1QC组成。
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