[发明专利]利用多数据平台发现长链非编码RNA分子标志物运用ceRNA机制的方法及系统和应用在审
| 申请号： | 201910675977.6 | 申请日： | 2019-07-25 |
| 公开（公告）号： | CN110415764A | 公开（公告）日： | 2019-11-05 |
| 发明（设计）人： | 陈瑞;恽俊;李晓波;高娜 | 申请（专利权）人： | 东南大学 |
| 主分类号： | G16B20/00 | 分类号： | G16B20/00;G16B25/00;G16B50/30 |
| 代理公司： | 南京苏高专利商标事务所(普通合伙) 32204 | 代理人： | 柏尚春 |
| 地址： | 211102 江*** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种多数据平台发现长链非编码RNA分子标志物运用ceRNA机制的方法及系统和应用。基于TANRIC公共数据资源的直肠癌LncRNA测序数据，运用多样的生物信息学分析手段，对LncRNA表达数据进行分析处理，识别与直肠癌相关的LncRNA，对LncRNA相关ceRNA机制探究，最终形成LncRNA‑miRNA‑mRNA‑疾病互作图。本发明采用丰富多样的生物信息学手段，整合数据资源，建立一套完整的分析流程，可有效发现直肠癌相关LncRNA分子通过ceRNA机制发挥其生物效应，在此过程中利用了公共数据库高通量数据，降低科研成本，提高分析效率。本发明可发现多个风险LncRNA，对复杂疾病的生物靶向治疗、基因功能预测、ceRNA机制探究及基因生物效应与预后评估都有重要意义，可广泛应用于生物学研究工作中，也可用于临床相关应用。 | ||
| 搜索关键词： | 直肠癌 分子标志物 非编码RNA 数据平台 应用 长链 发现 生物信息学分析 生物靶向治疗 公共数据库 生物信息学 生物学研究 表达数据 测序数据 分析处理 分析流程 分析效率 复杂疾病 公共数据 基因功能 基因生物 生物效应 数据资源 预后评估 重要意义 高通量 可用 整合 疾病 预测 科研 | ||
【主权项】：
1.一种利用多数据平台发现长链非编码RNA分子标志物运用ceRNA机制的方法，其特征在于：包括如下步骤：步骤1，样本数据下载和整理，获取LncRNA表达数据与其临床信息，选定目标疾病直肠癌和测序平台下载数据，数据包含癌样本、癌旁样本和对应的正常样本；步骤2，对LncRNA表达数据的差异表达分析；步骤3，将步骤2得到的LncRNA表达数据按照变化幅度排序，变化率越大的排名越靠前，筛选排名靠前的30个LncRNA作为相关LncRNA；步骤4，将步骤3筛选出的30个LncRNA表达数据与其对应样本的分期、转移、浸润等临床信息，进行生物信息统计学分析，进一步筛选与疾病发生发展相关具有统计学意义的LncRNA；步骤5，应用预测网站或软件预测LncRNA通过ceRNA机制调控的microRNA，并应用靶基因预测网站或软件作为预测靶基因的工具，获取靶基因，从而完成ceRNA调控网络的构建；步骤6，对靶基因进行功能分析并筛选出与疾病相关的条目，筛选出疾病相关靶基因；步骤7，对步骤6筛选出的疾病相关靶基因在样本数据中进行疾病相关生存分析，获取疾病预后相关靶基因；步骤8，将上述步骤1‑7中得到的数据进行合并，构建LncRNA‑miRNA‑mRNA‑疾病互作图。
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- 2016-06-07 - 2019-06-25 - G16B20/00
- 本发明涉及生物信息技术领域，具体涉及一种将生物基因以特定的性状进行分类与自我识别的方法，它采用如下的方法步骤；步骤一：Caffe深度学习框架运行环境的搭建；步骤二：生物基因信息数据的准备；步骤三：生物基因性状识别模型的建立；步骤四：生物基因性状识别模型的训练；步骤五：对未知性状基因信息进行识别；它采用深度学习算法，构建一个对生物基因信息识别并找出与对应性状之间联系的模型，然后使用这个模型对未知性状的基因信息进行识别，它具有能够更方便及智能的进行基因的对应性状分类，对未知性状的基因进行自我识别的优点。
- 用于遗传病基因诊断检测的审核方法及装置-201710371620.X
- 王家健;陶然;胡朝晖;王永松 - 海南金域医学检验中心有限公司
- 2017-05-24 - 2019-06-25 - G16B20/00
- 本发明公开的用于遗传病基因诊断检测的审核方法根据接收到的对待审核项目的审核指令，开始判断所述项目的检测系统和患者信息是否符合预设的审核条件；若符合，则确定所述匹配项目的查找范围；若所述匹配项目的查找范围仅限于同一条码，则在第一数据库内查找所述匹配项目的病理结果，若匹配项目的查找范围扩大至不同条码下时，先查找第一数据库内同一条码下的匹配项目，当第一数据库内查找不到同一条码下的匹配项目时，开始查找第二数据库内不同条码下的匹配项目，根据预设的待审核项目和匹配项目的矛盾条件，获得所述待审核项目的病理结果的审核结果，在很大程度上减少人工分析和比对的投入，减少出错率，提高审核的效率。
- 基于混沌博弈算法的miRNA-疾病相关性预测方法-201910091125.2
- 郑凯;尤著宏;周勇;李政伟;詹朝惠 - 中国矿业大学
- 2019-01-30 - 2019-06-21 - G16B20/00
- 本发明公开了一种基于混沌博弈算法的miRNA‑疾病相关性预测方法，包括数据集的选择与建立，疾病语义相似矩阵、疾病高斯相似矩阵、miRNA高斯相似矩阵的生成，相似矩阵的融合，混沌博弈算法提取特征值，训练集和测试集的构建，分类器模型构建步骤完成，该方法是利用混沌博弈算法处理序列样本集的特征并得到特征值，使数据集的信息量大为增加；本发明能够利用宽度学习的方法构建模型，大大提高了预测精度，能够得到比较好的预测效果；本发明方法计算代价低，功耗小。
- 一种提取蛋白质-小分子相互作用模块的方法-201510493825.6
- 梁治;牛立文;滕脉坤;何巍 - 中国科学技术大学
- 2015-08-12 - 2019-06-21 - G16B20/00
- 本发明涉及一种提取蛋白质‑小分子相互作用模块的方法，具体是将蛋白质上构成小分子结合口袋的原子(或氨基酸)根据其性质进行定量化描述，然后对两两口袋原子(或氨基酸)之间的距离进行评估，建立距离矩阵，再利用聚类算法抽提出性质相似的口袋原子(或氨基酸)类别，最后通过后处理，获得蛋白质‑小分子相互作用模块。可应用于生物信息学研究、蛋白质设计、药物筛选、小分子化学合成等多个方面。
- 专利分类
