[发明专利]一种大规模筛查新型冠状病毒感染人群的核酸检测方法及应用

说明书

本发明涉及一种大规模筛查新型冠状病毒感染人群的核酸检测方法及应用。首先将新型冠状病毒核酸的待检人群分组，混合采样或者单独采样获取咽拭子标本；然后将标本定量取样混合、离心，分别留取离心前混合物、离心后上清和细胞沉淀物共三份混检标本快速提取全部核酸，最后完成新型冠状病毒核酸上机检测与结果判读。阴性结果，代表可能没有感染新型冠状病毒；阳性结果，将分层进行核酸筛查和验证，最终检测出新型冠状病毒核酸阳性的患者。本发明联合单采/混采、混检和浓缩三管齐下进行新型冠状病毒核酸检测，可以快速、高效完成大规模筛查新型冠状病毒感染的待筛人群，尤其适用于低风险和健康人群是否感染新型冠状病毒的核酸普筛。

技术领域

本发明涉及病毒感染的检测领域，尤其是对大规模低风险人群是否感染新型冠状病毒进行快速筛选的 核酸检测方法。

背景技术

新型冠状病毒感染疫情在局部地区爆发后，不仅需要对密接人员、次密接人员和确诊病例所在的住宅 小区、重点场所以及高风险人群进行隔离和逐一进行新型冠状病毒核酸检测，而且在全面解除隔离、复工 复学前，往往需要对疫情爆发相关的整个区域或者城市的人群进行新型冠状病毒核酸全面彻查。对疫区周 边低风险和健康人群是否感染新型冠状病毒进行大规模、快速的核酸筛查，混检是一个非常好的方式，但 是如何科学规划和合理使用，目前还没有详细的文献来加以说明。

在现有已公开的数据和方案中，对于疫情后期或者低风险、健康人群进行大规模新型冠状病毒感染的 普筛，有过少数案例使用新型冠状病毒核酸混检。比如2020年JAMA杂志中发表的数据对2888名咽拭子 标本混合为292组，从中找出2名冠状病毒感染的阳性病例(Hogan，C.A.，et al.JAMA，2020)；2020 年4月底Lancet也曾有短篇文献报道可以进行30例咽拭子标本的混合(Lohse，S.，et al.Lancet Infect Dis，2020)；此外，还有些零星的报道出现在新闻媒体或尚未正式发表。这些已公开的数据中，没有提 及详细的混合采样、混合核酸提取、混合检测方法，只有一个共同的较为模糊的处理方式，即将待筛人群 分组后的咽拭子标本直接混合，结果是多数情况下阳性标本经混合后其CT值较独立标本CT值更高，提示 CT值介于疑似和阳性之间的标本因为混合后被稀释可能导致更难以被检测出来。

一般而言，新型冠状病毒的咽拭子标本中，不少研究认为病毒颗粒主要存在于唾液和呼吸道的分泌物 内(Cheuk，S.，et al.Clin Infect Dis，2020；Mccormick-Baw，C.，etal.J Clin Microbiol，2020； Williams，E.，et al.J Clin Microbiol，2020)。最新的研究表明，鼻咽、口咽等处的上呼吸道上皮 细胞是新型冠状病毒感染和复制的主要细胞，其内含有大量的病毒颗粒(Hou，Y.J.，et al.Cell，2020)。 咽拭子取材过程中，上呼吸道内的分泌物和大量的上皮细胞被刮取下来。如果只是将采样管内的咽拭子标 本进行简单混合后再提取核酸，无论分泌物还是细胞内的病毒颗粒，理论上都会被稀释，比如10∶1混检 采用10人的咽拭子标本各取200μl放在一起混合均匀，再从中取200μl进行核酸提取，与一份标本单 独取200μl进行核酸提取相比较，10∶1混检时每份咽拭子标本的分泌物和细胞只有单独标本中的十分之 一，因此每份标本被稀释了10倍，显而易见，如果混合到一起的标本数量越大，每份标本被稀释的倍数就 越大，在进行核酸扩增时每份标本的起始核酸模板量可能就越低，那么阳性标本在检测过程中就会有出现 假阴性的可能性。本发明中所用方法，是采用先混合均匀，离心前先取部分混合物、离心后取上清以及包 含所有细胞混合沉淀物一共三组标本，既坚持了现用的混检方案即混匀后取部分混合物，同时将混检时所 有细胞混合沉淀物完整收集，最大程度的保留了所有混检标本的细胞内病毒颗粒，大大降低了混检造成假 阴性的可能性。实际应用中，我们阴性和阳性标本混检离心后的上清进行新型冠状病毒核酸检测，发现部 分混检标本经离心后上清中的病毒核酸明显降低，说明咽拭子获取的部分标本中，新型冠状病毒主要存在 于细胞内，这一点与文献报道也相符合。还有部分混检标本离心后的上清中可检测出新型冠状病毒核酸， 也不排除标本灭活、反复冻存过程中细胞发生死亡和裂解，病毒颗粒被释放到上清所致。