[发明专利]HLA-DPA1基因分型试剂盒

说明书

本发明公开了一种HLA‑DPA1基因分型试剂盒，包括2条扩增引物和4条测序引物，如SEQ ID NO.3、4、8、9、10、11所示。本发明的试剂盒可作为一种独立的、应用广泛的鉴定方法，能成功解决HLA‑DPA1位点的准确分型鉴定问题，可一次完成HLA‑DPA1基因全长的扩增，然后对2、3外显子分别进行双端测序。与现有技术相比，步骤简单，分型速度快，分型准确，3天内可出具报告，且可兼容于一代及二代测序平台。分型方法的改善有利于提高造血干细胞移植供受者HLA配型的准确性，从而选择更合适的移植供者，降低移植过程中的排斥反应，还可以为临床医生对疾病发生的诊断提供证据。

技术领域

本发明涉及一种HLA-DPA1高分辨率基因分型试剂盒，属于基因检测技术领域。

背景技术

主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex，MHC)是人类最复杂的遗传多态性系统，人类的MHC产物通常被称为HLA(human leukocyte antigen，HLA)，即人类白细胞抗原。MHC基因位于人第6号染色体短臂6p21.31区域，由一系列紧密连锁的基因座组成，全长约4000kb。根据HLA分子结构和分布的特点，分为HLA-Ⅰ、HLA-Ⅱ和HLA-Ⅲ等三类分子，其中HLA-Ⅰ类分子和HLA-Ⅱ类分子功能主要与免疫排斥相关，HLA-Ⅲ类分子功能主要与免疫相关的部分补体系统以及炎症相关因子等的合成相关。

准确的HLA分型技术已被广泛应用于器官和造血干细胞移植中寻找HLA相匹配的供者、HLA与疾病相关性的研究、亲子关系鉴定、个体识别以及以肽为基础的病毒和癌症疫苗的研发等应用领域。供受者间HLA相关等位基因的配合程度与移植效果密切相关。研究发现，移植时，供受双方的HLA相关基因匹配程度越高，分辨率越高，移植物的存活时间越长，因此，精确的HLA分型有助于提高移植后的存活率。

SBT(Sequencing based typing)：以PCR扩增所要分析的基因片段，然后对基因序列进行分析，可以直接得到基因型。运用该技术进行HLA分型具有重复性好，分辨率高，可分辨杂合子，自动化程度高等优势，是目前HLA高分辨率分型的金标准。随着基因测序仪的普及和临床移植配型的要求，PCR-SBT方法在大规模的HLA分型中被广泛采用。

HLA-DP分子属于经典的HLA-Ⅱ类分子，HLA-DPA1基因编码的α链，HLA-DPB1基因编码的β链，α链和β链两条链组成的异二聚体。截止2020年1月，HLA专业网站IMGT/HLAdatabase(https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/stats.html)上公布的DPA1等位基因有168个。HLA-DPA1基因多态性比较高，基因全长5.3kb，包含4个外显子和3个内含子，它的单核苷酸多态性位点存在于第二外显子和第三外显子。在慢性乙型肝炎中发现日本人群和泰国人群中HLA-DPA1及-DPB1基因中的HLA-DPA1*02:02-DPB1*05:01和HLA-DPA1*02:02-DPB1*03:01为慢性乙型肝炎的易感型别，而HLA-DPA1*01:03-DPB1*04:02及HLA-DPA1*01:03-DPB1*04:01为保护单倍体，中国人群中持续性慢性乙型肝炎的感染与HLA-DP位点也存在强关联；DPA1*0201可能是丙型肝炎的保护基因；DPA1与云南汉族多形性日光疹的发病有一定的相关性；在维吾尔族霍奇金淋巴瘤HLA-DPA1*03可能增加发病风险。因此，HLA-DPA1的分型检测可为临床医生确诊某些病症及治疗方向提供一些指导意见。

发明内容

针对上述现有技术，本发明提供了一种HLA-DPA1基因分型的特异性引物PCR-SBT试剂盒，该试剂盒通过PCR扩增获得DPA1全长，然后采用测序反应获得扩增片段的碱基序列，建立一个准确、完整和可靠的HLA-DPA1等位基因分型方法。通过本发明的HLA分型试剂盒及方法能高效且准确地完成HLA配型，大大提高配型效果，使患者康复更快，更有保障。该发明可兼容于一代和二代测序平台。

本发明是通过以下技术方案实现的：