[发明专利]用于检测牛无角基因的引物组、试剂盒及方法

说明书

本发明涉及基因突变检测技术领域，具体涉及用于检测牛无角基因的引物组、试剂盒及方法。所述引物组包括如SEQ ID NO.1～9所示的引物，更优选所述引物组中还包括SEQ ID NO.10～12所示的引物。本发明能同时检测牛Celtic无角基因、Mongolian无角基因和Friesian无角基因，可以快速、准确、批量地实现对牛无角性状的表型和/或基因型的检测。将本发明应用于牛无角性状的分子育种中时，可以选择无角基因纯合子，以高效提升后代牛群的无角基因频率。

技术领域

本发明涉及基因突变检测技术领域，具体涉及用于检测牛无角基因的引物组、试剂盒及方法。

背景技术

在自然界中，牛角是抵御天敌、争夺配偶的工具，而在集约规模化养殖条件下，角的存在不仅会给动物间带来互相伤害，也给饲养人员带来安全威胁。目前规模化牛场通常对出生一周内的犊牛进行去角，然而其缺点在于给牛带来了应激反应，影响了动物生长及动物福利，同时耗费人力、物力、财力。天生无角是牛生产中的有利性状，开发牛无角基因检测方法，可用于牛无角性状的分子育种。例如，在选择种牛时，鉴定和选择无角基因纯合子，可以快速提升后代牛群的无角基因频率。

牛的无角性状遗传方式为常染色体显性遗传，具有多等位基因的特点，目前已知有三类不同来源的无角基因，均位于牛的1号染色体上(参考基因组：Bos_taurus_UMD_3.1)。第一种称为Celtic等位基因(Medugorac et al.2012)，存在于以安格斯牛、弗莱维赫牛、西门塔尔牛等肉牛及乳肉兼用牛品种中，属于插入缺失类突变(InDel)，即在1号染色体上1,705,834-1,706,045bp处存在一段212bp的重复，该重复代替了一段位于1,706,051-1,706,060bp长度为10bp的序列，该位点表示为P_202ID。第二种称为Mongolian等位基因(Medugorac et al.2017)，发现于蒙古牛中，该突变有两个特异性突变位点，一是在1,975,461–1,975,487bp处存在1bp的插入缺失，表示为P_1ID；二是在1,976,128bp处存在一个219bp的插入，表示为P_219ID。第三种称为Friesian等位基因(Medugorac et al.2012)，主要存在于以荷斯坦牛、娟姗牛为代表的奶牛品种中。该等位基因存在5个紧密连锁的候选突变位点，其中3个是单核苷酸多态(SNP)，分别为：1,654,405bp处G→A(P_G1654405A)；1,655,463bp处C→T(P_C1655463T)；1,768,587bp处C→A(P_C1768587A)。另外2个为插入缺失(InDel)，即在1,649,163–1,649,169bp处有一段5bp的InDel(P_5ID)、在1,909,352-1,989,480bp后存在一段长度为80,128bp的串联重复(P_80kbID)，该串联重复内部还存在一个SNP(1,909,354:T→A)和一个2bp的缺失(1,909,396D2:TG)。