[发明专利]南丹瑶鸡鸡蛋浓蛋白高度和蛋黄颜色关联的SNP分子标记的筛选方法和用途

说明书

本发明公开了南丹瑶鸡鸡蛋浓蛋白高度和蛋黄颜色关联的SNP分子标记的筛选方法，直接从与鸡蛋品质相关的基因中筛选得到与鸡蛋浓蛋白高度和蛋黄颜色关联的8个SNP分子标记，这些SNP分子标记所处的序列如SEQ ID NO:1‑SEQ ID NO:8所示。本发明提供的SNP分子标记筛选方法简化了全基因组关联分析，直接对性状相关基因进行SNP标记的筛选，比全基因组测序的费用少，适用于高遗传力的数量性状的选育。筛选得到的SNP分子标记可用于分子辅助育种，在早期可以直接在基因组水平上选育个体，不依赖表型信息，对于低遗传力,难以度量的性状可显著提高选择效率，加快育种进程，节省中间饲养费用，提高了育种效率，降低了育种成本，具有广泛的应用前景。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，涉及南丹瑶鸡鸡蛋浓蛋白高度和蛋黄颜色关联的SNP分子标记的筛选方法和用途。

背景技术

鸡蛋在人们的饮食中称得上是必需品，其营养丰富，价格便宜，同时有着一定的保健功能。随着人们的生活水平质量的提高，内部品质高的鸡蛋受到更多消费者的青睐。蛋清的浓稠度和蛋黄颜色是消费者选择的重要指标。蛋清的浓稠度指标用浓蛋白高度来表示，其与鸡蛋蛋品质、新鲜度有关，浓蛋白高度越高，蛋品质越好；鸡蛋中营养成分最丰富的是蛋黄，蛋黄颜色的深浅与蛋黄中沉积的色素含量有关，蛋黄颜色越深往往越受欢迎。

利用传统的选育方法，国内外已经成功地培育了大量的畜禽品种。但是，传统育种主要凭借育种经验依据表型对后代进行选择，无法对目标基因的基因型进行直接选择，因此，选育耗时长，表型的测量复杂，选择效率和准确性较低。目前，将分子生物学技术应用于育种中，可在分子水平上进行育种，通过分子标记辅助育种或遗传修饰育种(转基因育种)，可以大大提高育种的选择效率，缩短选育时间。

浓蛋白高度和蛋黄颜色都属于数量性状，数量性状受多基因效应共同影响，往往在基因中起作用的是某个或几个SNP位点，传统家禽育种对其无法进行直接选择，导致了传统育种选择效率和准确性较低。因此，目前急需筛选与鸡蛋黄颜色和浓蛋白高度关联的SNP分子标记，将其应用于家禽的分子育种中。

发明内容

本发明的目的在于针对现有技术的不足，提供一种南丹瑶鸡鸡蛋浓蛋白高度和蛋黄颜色关联的SNP分子标记的筛选方法。

本发明的另一个目的在于提供上述筛选方法筛选得到的SNP分子标记。

本发明的另一个目的在于提供上述SNP标记的用途。

本发明所述的南丹瑶鸡鸡蛋浓蛋白高度和蛋黄颜色关联的SNP分子标记的筛选方法，包括以下步骤：

(1)从已知文献中找出与蛋品质相关的基因，取南丹瑶鸡，采血提基因组DNA，混池后送公司测序，检测在这些基因上存在突变的SNP位点；

(2)取南丹瑶鸡母鸡作为试验鸡，从24周龄开始测定鸡蛋的浓蛋白高度和蛋黄颜色性状指标，每4周测1次，每次连续测3天，直到60周龄试验结束；

(3)采集60周龄的试验鸡的血液并提取基因组DNA，对步骤(1)检测到的SNP位点进行高通量测序，收集试验鸡在所述SNP位点及其周围突变SNP位点的基因型信息；

(4)采用SAS软件将步骤(2)中检测得到的浓蛋白高度、蛋黄颜色数据与步骤(3)检测得到的SNP位点进行关联分析，筛选出与浓蛋白高度、蛋黄颜色极显著(PrF0.01)关联的SNP分子标记。

其中，步骤(1)所述的与蛋品质相关的基因为ALAS1、CPOX-P6、TF、TSPO、SLC25A5和SLLCO1A2基因。