[发明专利]柱锈菌科多基因谱系筛查方法

说明书

本发明公开了柱锈菌科的多基因谱系筛查数据库的制备与应用。本发明提供了a)和b)所示的物质在鉴定或区分柱锈菌科种属中的应用，a)所示的物质为检测待测样本或待测病原菌中如下基因序列的物质：ITS和LSU；b)所示的物质为现有柱锈菌科种属及各种属中ITS和LSU基因序列；本发明采用ITS和LSU基因序列进行进化树的构建和同源性比对，能够检测柱锈菌科，在检疫口岸，能够对含有柱锈菌科真菌的样品进行快速准确筛查，防止病菌随种子及其它繁殖材料进出口、调运而传播蔓延，以保护我国农业生产的健康发展，具有重要的意义。

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及柱锈菌科多基因谱系筛查方法。

背景技术

引起危害世界林木的三大真菌病害之一的松疱锈病的病原物由植物病原真菌柱锈菌科的物种组成。该科物种属于真菌界担子菌门(Basidimycota)，柄锈菌纲(Pucciniomycetes)，柄锈菌目(Pucciniales)的柱锈菌科(Cronartiaceae)科内。该科仅有两属，柱锈菌属(Cronartium)和内柱锈菌属(Endocronartium)。其中内柱锈菌属于2019年已划归柱锈菌内，目前整个科包含1属，共含种属36种。这些真菌对人工或自然松林威胁严重，一旦成灾就会造成巨大的经济损失和生态破坏。

因此，需要发现一种柱锈菌科(Cronartiaceae)鉴定方法。

发明内容

本发明一个目的是提供a)和/或b)所示的物质的应用。

本发明提供了a)和/或b)所示的物质在如下1)-6)至少一种功能或制备具有1)-6)至少一种功能的产品中的应用：

a)所示的物质为检测如下基因序列：ITS和LSU的物质；

b)所示的物质为记载现有柱锈菌科种属及各种属中ITS和LSU基因序列的可读载体；

1)鉴定或区分柱锈菌科种属；

2)鉴定或辅助鉴定待测病原菌是否为柱锈菌科；

3)鉴定或辅助鉴定待测病原菌属于哪种柱锈菌科种属；

4)对待测病原菌进行柱锈菌科种属归属；

5)对待测病原菌进行柱锈菌科种属聚类；

6)鉴定或辅助鉴定待测样品中是否含有柱锈菌科种属。

上述应用中，b)所示的物质中所述现有柱锈菌科种属及各种属中ITS和LSU基因序列来源于现有数据库中所有柱锈菌科种属模式和/或凭证模式的ITS和LSU基因序列；

或，b)所示的物质中所述现有柱锈菌科种属及各种属中ITS和LSU基因序列来源于现有数据库中所有柱锈菌科种属模式和凭证模式的ITS和LSU基因序列，以及，所述数据库中缺失的现有柱锈菌科种属中的ITS和LSU基因序列。

上述可读载体可以为光盘等任何可以记载现有柱锈菌科种属及各种属中ITS和LSU基因序列的硬件。

在本发明的实施例中，现有数据库中所有柱锈菌科种属模式和凭证模式的ITS和LSU基因序列为来源于NCBI的数据库中现有柱锈菌科种属及各种属中ITS和LSU基因序列；所述数据库中缺失的现有柱锈菌科种属中的ITS和LSU基因序列为采集的NCBI数据库中缺失现有柱锈菌科种属中的ITS和LSU基因序列。具体本发明实施例中，所述现有柱锈菌科种属为16个，对应的ITS和LSU基因序列及种属信息具体见实施例中的表1所示。

上述应用中，a)所示的物质包括特异捕获待测样本或待测病原菌中ITS和LSU基因的物质，还包括测序相关试剂或仪器。

上述应用中，所述特异捕获待测样本或待测病原菌中ITS和LSU基因的物质为用于扩增ITS和LSU基因的引物对，在本发明的实施例中如表2所示。