[发明专利]柱锈菌科多基因谱系筛查方法

权利要求书

1.一种检测或辅助检测待测样本中是否含有柱锈菌科种属的方法，包括如下1)-2)的步骤：

1)捕获待测样本基因组中的ITS和LSU基因，测序，得到待测样本中各个基因的序列；

所述捕获待测样本基因组中的ITS和LSU基因为提取待测样本基因组DNA，扩增ITS和LSU基因；

扩增ITS基因的引物由SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:6所示的DNA分子中任意forward引物和任意reverse引物组成；

扩增LSU基因的引物由SEQ ID NO:7至SEQ ID NO:8所示的DNA分子组成；

2)将所述待测样本中各个基因的序列与如下所示的现有柱锈菌科种属及各种属中ITS和LSU基因序列采用基于BLAST的菌株DNA条形码(柱锈菌科)鉴定系统构建鉴定数据及其代码去实现构建系统发育树，若待测样本归属于所述系统发育树中某支，则该待测样本含有或候选含有该支对应的柱锈菌科种属；若待测样本不归属于所述系统发育树中任何支，则该待测样本不含有或候选不含有柱锈菌科；

所述基于BLAST的菌株DNA条形码(柱锈菌科)鉴定系统的计算机软件著作权登记号：2019SR1314189；

所述现有柱锈菌科种属及各种属中ITS和LSU基因序列为如下：

2.一种检测或辅助检测待测病原菌是否为柱锈菌科的种属的方法，包括如下1)-2)的步骤：

1)捕获待测病原菌基因组中的ITS和LSU基因，测序，得到待测病原菌各个基因序列；

所述捕获待测病原菌基因组中的ITS和LSU基因为提取待测病原菌基因组DNA，扩增ITS和LSU基因；

扩增ITS基因的引物由SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:6所示的DNA分子中任意forward引物和任意reverse引物组成；

扩增LSU基因的引物由SEQ ID NO:7至SEQ ID NO:8所示的DNA分子组成；

2)将所述各个基因序列与如下所示的现有柱锈菌科种属及各种属中ITS和LSU基因序列，采用基于BLAST的菌株DNA条形码(柱锈菌科)鉴定系统构建鉴定数据及其代码去实现构建系统发育树，

若待测病原菌归属于所述系统发育树中某支，则该待测病原菌为或候选为该支对应的柱锈菌科种属；若待测病原菌归不归属于所述系统发育树中任何支，则该待测病原菌不为或候选不为柱锈菌科；

所述基于BLAST的菌株DNA条形码(柱锈菌科)鉴定系统的计算机软件著作权登记号：2019SR1314189；

所述现有柱锈菌科种属及各种属中ITS和LSU基因序列为如下：

3.一种检测或辅助检测待测病原菌属于哪种柱锈菌科种属的方法，包括如下1)-2)的步骤：

1)捕获待测病原菌基因组中的ITS和LSU基因，测序，得到待测病原菌各个基因序列；

所述捕获待测病原菌基因组中的ITS和LSU基因为提取待测病原菌基因组DNA，扩增ITS和LSU基因；

扩增ITS基因的引物由SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:6所示的DNA分子中任意forward引物和任意reverse引物组成；

扩增LSU基因的引物由SEQ ID NO:7至SEQ ID NO:8所示的DNA分子组成；

2)将所述各个基因序列与如下所示的现有柱锈菌科种属及各种属中ITS和LSU基因序列采用基于BLAST的菌株DNA条形码(柱锈菌科)鉴定系统构建鉴定数据及其代码去实现构建系统发育树，

若待测病原菌归属于所述系统发育树中某支，则该待测病原菌为或候选为该支对应的柱锈菌科种属；

所述基于BLAST的菌株DNA条形码(柱锈菌科)鉴定系统的计算机软件著作权登记号：2019SR1314189；

所述现有柱锈菌科种属及各种属中ITS和LSU基因序列为如下：

4.根据权利要求1-3任一所述的方法，其特征在于：

在所述方法中，在所述步骤2)后还包括如下步骤：

将所述待测样本或所述待测病原菌ITS和LSU基因与所述权利要求1-3任一中的所述各个现有柱锈菌科种属中ITS和LSU基因序列进行同源性比对，若至少2个基因的同源性与某种现有柱锈菌科种属对应基因的同源性均大于97％，则所述待测样本含有该种现有柱锈菌科种属或所述待测病原菌为该种现有柱锈菌科种属。