[发明专利]用于形成连接产物的方法和组合物

权利要求书

1.一种形成包含单链样品多核苷酸的连接产物的方法，其中所述单链样品多核苷酸包含在靶多核苷酸的5’端与第一延伸序列接合并在靶多核苷酸的3’端与第二延伸序列接合的靶多核苷酸，所述方法包括：

(a)将所述单链样品多核苷酸、第一单链衔接子、第二单链衔接子、第一桥联探针和第二桥联探针混合以形成多核苷酸复合物，其中所述多核苷酸复合物包括(i)通过序列互补性与第一单链衔接子的3’端特异性杂交的第一桥联探针的5’端，和通过序列互补性与第一桥联探针的3’端特异性杂交的所述单链样品多核苷酸的5’端，以及(ii)通过序列互补性与所述单链样品多核苷酸的3’端特异性杂交的第二桥联探针的5’端，和通过序列互补性与第二桥联探针的3’端特异性杂交的第二单链衔接子的5’端；

(b)(i)将第一单链衔接子的3’端连接至所述单链样品多核苷酸的5’端，并且(ii)将所述单链样品多核苷酸的3’端连接至第二单链衔接子的5’端；以及

(c)降解或选择性地去除所述第一和第二桥联探针，从而形成连接产物。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述靶多核苷酸包含无细胞DNA。

3.根据权利要求2所述的方法，其中所述无细胞DNA包含序列变体。

4.根据权利要求3所述的方法，其中所述序列变体包括单核苷酸多态性、单核苷酸变体、插入、缺失、重复、倒位、易位、拷贝数变异、基因融合和指示甲基化的突变中的至少一种。

5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸包含具有至少一个拷贝的无细胞DNA序列或其互补序列的线性多联体。

6.根据权利要求1所述的方法，其中所述靶多核苷酸包含基因组DNA或其片段。

7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述第一桥联探针在所述单链样品多核苷酸的5’端与所述第一延伸序列的至少一部分杂交。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述第一桥联探针在所述单链样品多核苷酸的5’端与所述第一延伸序列和所述靶多核苷酸的至少一部分杂交。

9.根据权利要求8所述的方法，其中所述靶多核苷酸的5’端的区段不与所述第一桥联探针特异性杂交，并且其中所述区段形成第一单链环。

10.根据权利要求9所述的方法，其中在(b)中的连接之前，将所述第一单链环切除。

11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，其中所述第二桥联探针在所述单链样品多核苷酸的3’端与所述第二延伸序列的至少一部分杂交。

12.根据权利要求11所述的方法，其中所述第二桥联探针在所述单链样品多核苷酸的3’端与所述第二延伸序列和所述靶多核苷酸的至少一部分杂交。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述靶多核苷酸的3’端的区段不与所述第二桥联探针特异性杂交，并且其中所述区段形成第二单链环。

14.根据权利要求13所述的方法，其中在(b)中的连接之前，将所述第二单链环切除。

15.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一延伸序列包括扩增引物结合序列、测序引物结合序列、条形码序列和分子标识符序列中的至少一个。

16.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第二延伸序列包括扩增引物结合序列、测序引物结合序列、条形码序列和分子标识符序列中的至少一个。