[发明专利]用于分配起源组织的无细胞核酸样品的羟甲基化分析及相关使用方法

权利要求书

1.一种对获自人类受试者的无细胞流体样品中的核酸概率性分配起源组织的方法，其包括：

(a)生成所述核酸的羟甲基化概况；

(b)将所述核酸的羟甲基化概况与参考数据集中的多个参考羟甲基化概况中的每个进行比较，每个参考羟甲基化概况对应于包含在与组织特异性基因相关的基因组区域内的参考基因座；

(c)鉴定至少一个参考基因座，其具有与(a)中检测到的羟甲基化概况实质相似的参考羟甲基化概况；和

(d)基于(c)中鉴定的所述至少一个参考基因座和相应的组织特异性基因，对所述核酸分配至少一种起源组织。

2.根据权利要求1的方法，其中每个参考基因座包含在与组织特异性基因相关的差异羟甲基化的基因组区域内。

3.根据权利要求2的方法，其中所述参考集包括与多个组织特异性基因相关的参考基因座的羟甲基化概况。

4.根据权利要求3的方法，其还包括在(c)和(d)之间，(c’)从实质相似性确定所述核酸具有与所述至少一个参考基因座相对应的起源组织的概率。

5.根据权利要求4的方法，其中从羟甲基化差异数据集检测所述实质相似性，所述羟甲基化差异数据集包括在所述核酸的所生成的羟甲基化概况与所述多个参考羟甲基化概况中的每个之间鉴定的差异。

6.根据权利要求1的方法，其中差异羟甲基化的基因组区域在功能上与所述相应的组织特异性基因相关。

7.根据权利要求1至6中任一项的方法，其中所述参考集包含羟甲基化向量，所述羟甲基化向量至少鉴定以下项：在特定参考基因座处的羟甲基化概况；与所述参考基因座相关的所述组织特异性基因；以及与所述基因和所述参考基因座相关的组织。

8.根据权利要求7的方法，其中在每个参考基因座处的羟甲基化概况包括以下至少之一：

所述参考基因座内的羟甲基化密度；

所述参考基因座内的总5-羟甲基胞嘧啶残基；

所述参考基因座内的所述5-羟甲基胞嘧啶残基的位置；

将羟甲基化的位点鉴定为半羟甲基化或完全羟甲基化；和

所述参考基因座内的所述5-羟甲基胞嘧啶残基的相对位置。

9.根据权利要求8的方法，其中在每个参考基因座处的羟甲基化概况包括羟甲基化密度。

10.根据权利要求9的方法，其中所述羟甲基化密度包含5-羟甲基胞嘧啶残基与所述参考基因座内总的经修饰的胞嘧啶残基和未修饰的胞嘧啶残基的比率。

11.根据权利要求9的方法，其中所述羟甲基化密度包含羟甲基化的CpG位点处的胞嘧啶级份。

12.根据权利要求8的方法，其中所述至少一个参考基因座包含在基因体或其组分内。

13.根据权利要求12的方法，其中所述至少一个参考基因座包含在内含子或外显子内。

14.根据权利要求8的方法，其中所述至少一个参考基因座包含在所述基因体外部的基因组注释特征内。

15.根据权利要求14的方法，其中所述至少一个参考基因座包含在启动子，增强子，转录起始位点，转录终止位点，DNA结合位点或其组合内。

16.根据权利要求12的方法，其中所述至少一个参考基因座包含DNA结合位点。

17.根据权利要求16的方法，其中所述DNA结合位点包含沉默区域。

18.根据权利要求16的方法，其中所述DNA结合位点包含转录因子结合位点。