[发明专利]TRBC使用的分子评估

权利要求书

1.确定细胞的T细胞受体β链(TRBC)基因类型的方法，所述方法包括

(a)确定所述细胞中表达的J基因类型，和

(b)从(a)推断所述细胞中表达的TRBC基因类型。

2.根据权利要求1的方法，其中步骤(a)包括：

(i)从所述细胞提取核酸；

(ii)从所述核酸确定所述J基因的至少一个区段的核苷酸序列；和

(iii)将(ii)中确定的核苷酸序列与一个或多个J基因参考核苷酸序列进行比较，以及

(iv)从(ii)的所述J基因的区段的核苷酸序列与(iii)的J基因参考核苷酸序列的序列同一性鉴定J基因类型。

3.根据权利要求2的方法，其中所述J基因参考核苷酸序列如表1中所示。

4.根据权利要求2或权利要求3的方法，其中所述核酸包含基因组DNA(gDNA)。

5.根据权利要求2至4中任一项的方法，其中所述J基因的所述区段包含T细胞受体基因的整个J区。

6.根据权利要求2至5中任一项的方法，其中所述J基因的所述区段包含在T细胞受体基因的CDR3中。

7.根据权利要求2至6中任一项的方法，其中所述J基因的所述区段选自下组：

8.根据权利要求2至7中任一项的方法，其中步骤(ii)包括：

(1)使所述核酸与用于扩增所述J基因的至少一个区段的试剂接触；

(2)温育以允许扩增；

(3)确定所述J基因的扩增区段的核苷酸序列。

9.根据权利要求9的方法，其中所述用于扩增的试剂包含至少一个位于T细胞受体基因的V区中的正向引物和至少一个位于T细胞受体基因的J区中的反向引物，或者其中所述用于扩增的试剂包含至少一个位于T细胞受体基因的V区中的反向引物和至少一个位于T细胞受体基因的J区中的正向引物。

10.根据权利要求8或权利要求9的方法，其进一步包括：

(2a)对所述J基因的扩增区段进行电泳；

(2b)从步骤(2a)选择优势扩增产物用于核苷酸测序。

11.根据权利要求1的方法，其中步骤(a)包括对所述细胞进行克隆性确定或免疫测序以提供所述J基因的核苷酸序列信息，以及从所述核苷酸序列信息确定J基因类型。

12.根据权利要求2至11中任一项的方法，其中确定核苷酸序列包括NGS分析。

13.根据前述权利要求中任一项的方法，其中所述细胞存在于细胞群内，并且其中步骤(a)包括：

(i)从所述细胞群提取核酸；

(iia)从所述核酸确定所述J基因的至少一个区段的核苷酸序列，以生成核苷酸序列群；

(iib)从所述核苷酸序列群选择核苷酸序列；

(iii)将(iib)中选择的核苷酸序列与一个或多个J基因参考核苷酸序列进行比较，以及

(iv)通过(iib)的所述J基因的区段的核苷酸序列与(iii)的J基因参考核苷酸序列的序列同一性鉴定J基因类型。

14.根据前述权利要求中任一项的方法，其中所述细胞来自患有或疑似患有外周T细胞淋巴瘤(PTCL)的受试者。

15.根据前述权利要求中任一项的方法，其中所述细胞是外周T细胞淋巴瘤(PTCL)细胞。