[发明专利]用于检索环状分子的结构的方法和装置以及记录介质

说明书

包括以下的方法：将数目为n的化合物基团中的每一个布置在每个格点上以在三维格点空间中创建环状分子的三维结构，其中所述格点是作为格点集合的三维格点空间的格点，所述方法是使用计算机检索环状分子的稳定结构的方法，其中化合物基团连接以形成环，并且其中在数目(n)为奇数的情况下，该布置包括：将连接基团插入到环状分子内以第n个顺序布置的化合物基团与第一个布置的化合物基团之间，将连接基团布置在格点上，并以以下方式调整该布置：以第n个顺序布置的化合物基团与第一个布置的化合物基团不彼此正对，并且连接基团在二者之间。

技术领域

本文中讨论的实施方案涉及用于使用三维格点空间(three-dimensionallattice space)来检索环状分子的稳定结构的方法和装置，以及在其中存储有用于使计算机执行所述方法之程序的记录介质。

背景技术

通常情况下，大尺寸分子的稳定结构很重要。该情况的一些实例包括药物发现。然而，在现实的时间尺度内可能难以根据阐明并考虑所有原子的计算来检索大尺寸分子(例如，蛋白质)的稳定结构。

因此，已研究了用于通过粗略地捕获(粗略地可视化)分子的结构来缩短计算时间的技术。例如，研究了被称为格点蛋白质的技术，其中检索了仅由氨基酸残基的一维布置信息构成的蛋白质的粗略可视化结构。作为其一个实例，已报道了使用量子退火(quantumannealing)技术来高速检索直链蛋白质的简单立方格点结构的稳定结构的技术。根据当前的技术，用于通过退火机(annealing machine)(例如量子退火)来检索格点蛋白质结构的技术仅可应用于直链结构。然而，就在考虑药物发现领域中与充当靶标的蛋白质键合的药物候选化合物的情况下，环状化合物比直链化合物更强烈地键合。因此，考虑到对于药物发现的应用，能够检索环状分子的稳定结构是重要的。背景技术的一个实例在R.Babbush等，Construction of Energy Functions for Lattice Heteropolymer Models：A CaseStudy in Constraint Satisfaction Programming and Adiabatic QuantumOptimization，arXiv：quant-ph/1211.3422v2(https：//arxiv.org/abs/1211.3422)中公开。

发明内容

所公开的发明的目的是提供用于检索环状分子之结构的方法和装置以及记录介质，所述方法和装置可检索环状分子的稳定结构，所述记录介质在其中存储有用于使计算机执行用于检索结构之方法的程序。

根据本公开内容的一个方面，用于检索环状分子的结构的方法是使用计算机检索环状分子的稳定结构的方法，其中数目为n的化合物基团连接以形成环。所述方法包括将数目为n的化合物基团中的每一个布置在每个格点上以在三维格点空间中创建环状分子的三维结构，其中所述格点是作为格点集合的三维格点空间的格点。在环状化合物的化合物基团的数目(n)为奇数的情况下，该布置包括：将连接基团插入到环状分子内以第n个顺序布置的化合物基团与第一个布置的化合物基团之间，将连接基团布置在格点上，并以以下方式调整布置：以第n个顺序布置的化合物基团与第一个布置的化合物基团不彼此正对(faceeach other)，并且连接基团在以第n个顺序布置的化合物基团与第一个布置的化合物基团之间。

根据本公开内容的另一个方面，用于检索环状分子之结构的装置是用于检索环状分子的稳定结构的装置，其中，数目为n的化合物基团连接以形成环。所述装置包括：创建单元，其配置为将数目为n的化合物基团中的每一个布置在每个格点上以在三维格点空间中创建环状分子的三维结构，其中所述格点是作为格点集合的三维格点空间的格点。在环状化合物的化合物基团的数目(n)为奇数的情况下，创建单元配置为将连接基团插入到环状分子内以第n个顺序布置的化合物基团与第一个布置的化合物基团之间，将连接基团布置在格点上，并以以下方式调整布置：以第n个顺序布置的化合物基团与第一个布置的化合物基团不彼此正对，并且连接基团在以第n个顺序布置的化合物基团与第一个布置的化合物基团之间。