[发明专利]用于检索环状分子的结构的方法和装置以及记录介质

权利要求书

1.用于检索环状分子的结构的方法，所述方法包括：

将数目为n的化合物基团中的每一个布置在每个格点上以在三维格点空间中创建所述环状分子的三维结构，其中所述格点是作为格点集合的所述三维格点空间的格点，

其中，所述方法是使用计算机检索所述环状分子的稳定结构的方法，其中所述数目为n的化合物基团连接以形成环，以及

其中在所述环状化合物的化合物基团的数目(n)为奇数的情况下，该布置包括：

将连接基团插入到所述环状分子内以第n个顺序布置的化合物基团与第一个布置的化合物基团之间，将所述连接基团布置在格点上，并以以下方式调整所述布置：以第n个顺序布置的化合物基团与第一个布置的化合物基团不彼此正对，并且所述连接基团在以第n个顺序布置的化合物基团与第一个布置的化合物基团之间。

2.根据权利要求1所述的方法，

其中调整所述布置是通过以下来进行的：将末端基团与所述连接基团键合以将所述末端基团布置为正对所述三维格点空间中以第n个顺序布置的化合物基团，并且所述连接基团在所述末端基团与所述化合物基团之间。

3.根据权利要求1所述的方法，其还包括：

使用模拟退火计算最低能量以对所创建的所述环状分子的三维结构进行基态检索。

4.根据权利要求1所述的方法，

其中所述布置包括判断所述环状分子的化合物基团的数目(n)是奇数还是偶数。

5.根据权利要求1所述的方法，

其中所述环状分子是环状蛋白质。

6.根据权利要求5所述的方法，

其中所述化合物基团是氨基酸残基。

7.用于检索环状分子的结构的装置，所述装置包括：

创建单元，其配置为将数目为n的化合物基团中的每一个布置在每个格点上以在三维格点空间中创建所述环状分子的三维结构，其中所述格点是作为格点集合的所述三维格点空间的格点，

其中所述装置是用于检索所述环状分子的稳定结构的装置，其中所述数目为n的化合物基团连接以形成环，以及

其中在所述环状化合物的化合物基团的数目(n)为奇数的情况下，所述创建单元配置为将连接基团插入到所述环状分子内以第n个顺序布置的化合物基团与第一个布置的化合物基团之间，将所述连接基团布置在格点上，并以以下方式调整所述布置：以第n个顺序布置的化合物基团与第一个布置的化合物基团不彼此正对，并且所述连接基团在以第n个顺序布置的化合物基团与第一个布置的化合物基团之间。

8.根据权利要求7所述的装置，

其中所述创建单元配置为通过以下来执行所述布置：将末端基团与所述连接基团键合以将所述末端基团布置为正对所述三维格点空间中以第n个顺序布置的化合物基团，并且所述连接基团在所述末端基团与所述化合物基团之间。

9.根据权利要求7所述的装置，其还包括：

计算单元，其配置为使用模拟退火计算最低能量以对所创建的所述环状分子的三维结构进行基态检索。

10.根据权利要求7所述的装置，

其中所述创建单元配置为判断所述环状分子的化合物基团的数目(n)是奇数还是偶数。

11.根据权利要求7所述的装置，

其中所述环状分子是环状蛋白质。

12.根据权利要求11所述的装置，

其中所述化合物基团是氨基酸残基。