[发明专利]一组辅助诊断食管鳞癌的miRNA标志物及其应用在审
申请号: | 201910320342.4 | 申请日: | 2019-04-19 |
公开(公告)号: | CN111826438A | 公开(公告)日: | 2020-10-27 |
发明(设计)人: | 刘乃嘉;盛司潼;王筠;胡章立;钟姗 | 申请(专利权)人: | 深圳大学;深圳华因康基因科技有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6886 | 分类号: | C12Q1/6886;C12N15/113;C40B40/06 |
代理公司: | 北京远智汇知识产权代理有限公司 11659 | 代理人: | 张海英 |
地址: | 518071 广东*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一组 辅助 诊断 食管 mirna 标志 及其 应用 | ||
1.一组辅助诊断食管鳞癌的miRNA标志物,其特征在于,所述miRNA标志物包括hsa-miR-493,并且还包括hsa-miR-93、hsa-miR-503、hsa-miR-375或hsa-miR-195中任意一种或两种以上的组合。
2.根据权利要求1所述的miRNA标志物,其特征在于,所述miRNA标志物包括hsa-miR-493、hsa-miR-93、hsa-miR-503、hsa-miR-375和hsa-miR-195的组合;
优选地,所述hsa-miR-493、hsa-miR-93、hsa-miR-503、hsa-miR-375和hsa-miR-195的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5所示。
3.一种如权利要求1或2所述的miRNA标志物在构建食管鳞癌辅助诊断模型、食管鳞癌检测试剂盒、食管鳞癌检测芯片、制备诊断食管鳞癌的试剂或制备治疗食管鳞癌的药物中的应用。
4.一种食管鳞癌辅助诊断模型,其特征在于,所述模型的输入对象为权利要求2所述miRNA标志物的表达量;
优选地,所述模型的表达公式为Logit P=(0.102*hsa-miR-93的表达值)+(0.742*hsa-miR-503的表达值)-(0.278*hsa-miR-375的表达值)-(0.384*hsa-miR-195的表达值)+(0.3*hsa-miR-493的表达值)。
5.一种构建如权利要求4所述食管鳞癌辅助诊断模型的方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)选择在食管鳞癌组织和正常组织中差异表达的miRNA;
(2)将步骤(1)所得miRNA集合切分为训练集和测试集;
(3)通过机器学习算法构建食管鳞癌辅助诊断模型;
(4)优化步骤(3)所得食管鳞癌辅助诊断模型并保存。
6.根据权利要求5所述的方法,其特征在于,步骤(1)所述miRNA的数据来源为GEO数据库的GSE55856数据集和肿瘤数据库TCGA;
优选地,步骤(3)所述机器学习算法包括基于L1正则化的广义线性模型逻辑回归算法、集成模型随机森林算法、非显示训练模型K近邻算法或间隔分类模型支持向量机算法中的任意一种或两种以上的组合,优选为基于L1正则化的广义线性模型逻辑回归算法。
7.一种食管鳞癌检测试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括如权利要求1或2所述的miRNA标志物的检测试剂;
优选地,所述检测试剂包括特异性引物或/和特异性探针。
8.根据权利要求7所述的食管鳞癌检测试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括Taq酶、dNTP、MgCl2、缓冲液和SYBR Green I染料。
9.一种芯片,其特征在于,所述芯片包括固相载体和有序固定在所述固相载体上的寡核苷酸探针,所述寡核苷酸探针特异性地对应于SEQ ID NO.1-5所示的部分或全部序列。
10.一种药物,其特征在于,所述药物的靶点为权利要求1或2所述的miRNA标志物。
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