[发明专利]用于检测黄瓜果肉颜色的SNP标记及其应用

说明书

本发明涉及生物技术辅助育种技术领域，特别涉及一种用于检测黄瓜果肉颜色的SNP标记及其应用。用于检测黄瓜果肉颜色的SNP标记的引物，核苷酸序列为：5’‑TTGGGACGTTTATGGACTT‑3’/5’‑GTCACAAGAATAGTGTCAGT‑3’；所述引物扩增的与黄瓜绿色果肉基因连锁的特征条带的核苷酸序列如Seq ID No.1所示，序列的第73位碱基为A；所述引物扩增的与黄瓜白色果肉基因连锁的特征条带的核苷酸序列如Seq ID No.2所示，序列的第73位碱基为G。该SNP标记位于黄瓜Chr.5上735949bp处，可在黄瓜候选材料的任何阶段用于判断果肉颜色，提高了育种效率。

技术领域

本发明涉及生物技术辅助育种技术领域，特别涉及一种用于检测黄瓜果肉颜色的SNP标记及其在黄瓜育种材料选择中的应用。

背景技术

黄瓜是我国第一大设施蔬菜，果肉颜色是重要的品质性状，其中绿色果肉的黄瓜因其颜色漂亮，食用营养价值更高而更加受到消费者欢迎。黄瓜果肉颜色多呈白色、白绿、浅绿、黄绿和橙色，实际生产中，栽培黄瓜果肉颜色主要呈现为白色和绿色，主要由于叶绿素含量不同而导致颜色差异。绿色果肉的黄瓜叶绿素含量更高，营养价值较白色果肉的黄瓜更高，且色泽鲜艳，因此选育绿色果肉的黄瓜品种对丰富蔬菜市场、提高黄瓜的商品性及农民增收具有重要意义。

目前，国内外学者对黄瓜果肉颜色遗传规律研究较多，但由于所用试验材料不同而得出不同的实验结果。1971年，Kooistra等研究发现黄瓜果肉颜色由v和w两对基因控制，若两对基因均是隐性基因，则果肉颜色为橙黄色；若均为显性，则果肉颜色为白色。1983年，戚春章等认为西双版纳黄瓜的橙黄果肉对普通栽培黄瓜的白色果肉是显性性状。1992年，Peterson等认为控制版纳黄瓜果肉颜色的基因为wf和yf，其中wf表现为白色，yf表现为黄色，wfwf和yfyf杂交后代为白色：黄色：橙色＝12:3:1。李博等(2010)以绿色果肉和白色果肉作为双亲配制F₂代进行遗传分析，发现果肉颜色属于数量性状，以显性效应为主，有一定加性效应。沈镝等(2011)以橙黄果肉的版纳黄瓜和浅肉色栽培黄瓜杂交，发现果肉颜色的遗传规律为两对主基因+多基因模型。迄今为止，关于黄瓜果肉颜色QTL研究很少，仅沈镝(2009)对黄瓜果肉颜色进行了定位，共检测到8个与果肉颜色相关的QTL位点，位于黄瓜第4，5，6和7号染色体上。其中主效QTLβcc4a位于SSR03952和SSR05899两个标记之间，峰值位置为5.0cM，LOD值为7.26，贡献率达52.8％；李博(2010)检测到1个与果肉颜色相关的QTL位点，位于标记CSWCT29-CSWGCA01之间，距离CSWCT29较近，距离为6.01cM，LOD值为3.36，贡献率为11.86％。由此可见，目前报道的与黄瓜果肉颜色连锁的标记只有SSR标记，并未见其他类型标记(如Indel、SNP等)的研究，关于利用全基因组关联分析(GWAS)进行果肉颜色定位的研究尚未见报道。

发明内容

基于上述领域存在的不足，本发明提供一种与黄瓜果肉颜色基因紧密连锁的SNP标记，并提供了该标记在筛选黄瓜绿色果肉或白色果肉的黄瓜种质资源中的应用。

本发明的技术方案如下：

用于检测黄瓜果肉颜色的SNP标记的引物，其特征在于：所述引物的核苷酸序列如下：

SNPffc-10-F：5’-TTGGGACGTTTATGGACTT-3’；

SNPffc-10-R：5’-GTCACAAGAATAGTGTCAGT-3’；

所述引物扩增的与黄瓜绿色果肉基因连锁的特征条带的核苷酸序列如Seq IDNo.1所示，序列的第73位碱基为A；

所述引物扩增的与黄瓜白色果肉基因连锁的特征条带的核苷酸序列如Seq IDNo.2所示，序列的第73位碱基为G。

一种筛选具有绿色果肉特征的黄瓜种质资源的方法，其特征在于：包括如下步骤：