[发明专利]黄瓜果实多刺基因ns紧密连锁的SNP标记及其应用

说明书

本发明涉及生物技术辅助育种领域，特别涉及黄瓜果实多刺基因ns紧密连锁的SNP标记及其应用。用于检测黄瓜果实多刺基因ns紧密连锁的SNP标记的引物，核苷酸序列为TCACCCTTACTCTAAAAAAGTA/GCTTTCAACGTGAAAAATGTG；所述引物扩增的与黄瓜果实多刺基因ns连锁的特征条带的核苷酸序列如Seq ID No.1所示，序列的23位碱基为T；所述引物扩增的与黄瓜果实少刺基因Ns连锁的特征条带的核苷酸序列如Seq ID No.2所示，序列的23位碱基为C。该标记可用在黄瓜候选材料的任何阶段判断其果实为多刺还是少刺，具有效率高、限制少、准确度高的优点。

技术领域

本发明涉及生物技术辅助育种领域，特别涉及一种黄瓜果实多刺基因ns紧密连锁的SNP 标记及其在黄瓜育种材料选择中的应用。

背景技术

黄瓜(Cucumis sativus L.)是世界十大蔬菜之一，因其风味清香、口感脆爽、营养丰富，深受各国消费者的喜爱。作为重要的果菜类蔬菜，果实品质一直是黄瓜育种研究的重点。黄瓜果实品质包括外观品质和内在品质。通常说的品质性状主要指商品性即外观品质，包括瓜色、瓜长、果刺多少、果刺颜色、果瘤大小、果色均匀度、光泽度、果棱、果实表面黄色条纹等。果刺多少作为黄瓜重要的商品性状之一，对商品销售影响很大。一般来讲，国内市场上需求密刺黄瓜，目前生产上主推的品种绝大多数为密刺。研究黄瓜果刺多少的遗传规律及分子标记，对于选育符合市场需求的新品种具有重要意义。

关于控制黄瓜果刺的相关基因，已报道的有五个基因，分别为s、s-2、s-3、ss和ns。前人对于果刺多少的遗传规律进行了多项研究。1984年Fanourakis首次报道了控制黄瓜果实多刺的基因(ns)，少刺Ns对多刺ns为显性。随后Fanourakis和Simon的研究也表明，黄瓜果实少刺对多刺为显性，且与小刺基因(ss)存在连锁关系。Xie等将多刺性状作为质量性状来研究，定位在了Chr.2上nsIndel55-nsIndel39之间32.4kb的区间内，并预测到候选基因Csa2M264590。张圣平等开发了与黄瓜果实多刺基因ns紧密连锁的Indelns-24标记，但标记Indelns-24用于分子标记辅助选择的准确率低于80％。到目前为止，与质量性状基因ns紧密连锁的SNP标记尚未见报道。

发明内容

本发明基于上述领域的空白，提供了与黄瓜果实多刺基因ns紧密连锁的SNP标记，并提供了其在选择黄瓜果刺多少种质资源上的应用。

本发明的技术方案如下：

用于检测黄瓜果实多刺基因ns紧密连锁的SNP标记的引物，其特征在于：其核苷酸序列如下：

SNPns-01-F：5’-TCACCCTTACTCTAAAAAAGTA-3’；

SNPns-01-R：5’-GCTTTCAACGTGAAAAATGTG-3’；

所述引物扩增的与黄瓜果实多刺基因ns连锁的特征条带的核苷酸序列如Seq IDNo.1所示，序列的第23位碱基为T，经RsaI酶切后得到154bp片段；

所述引物扩增的与黄瓜果实少刺基因Ns连锁的特征条带的核苷酸序列如Seq IDNo.2所示，序列的第23位碱基为C，经RsaI酶切后得到133bp片段。

一种筛选具有果实多刺基因ns的黄瓜种质资源的方法，其特征在于：包括以下步骤：

(1)提取待测样品基因组DNA；

(2)以所述待测样品基因组DNA为模板，以所述引物进行PCR扩增；

(3)对PCR扩增片段进行测序或RsaI酶切；

如果测序结果如Seq ID No.1所示，则果实为多刺性状；如果测序结果如Seq IDNo.2所示，则果实为少刺性状；