[发明专利]黄瓜果实多刺基因ns紧密连锁的SNP标记及其应用有效
| 申请号： | 201910080121.4 | 申请日： | 2019-01-28 |
| 公开（公告）号： | CN109762920B | 公开（公告）日： | 2022-04-08 |
| 发明（设计）人： | 张圣平;顾兴芳;苗晗;蔡和序;薄凯亮 | 申请（专利权）人： | 中国农业科学院蔬菜花卉研究所 |
| 主分类号： | C12Q1/6895 | 分类号： | C12Q1/6895;C12N15/11 |
| 代理公司： | 北京海虹嘉诚知识产权代理有限公司 11129 | 代理人： | 吴泳历 |
| 地址： | 100081 北*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 黄瓜 果实 基因 ns 紧密 连锁 snp 标记 及其 应用 | ||
1.用于检测黄瓜果实多刺基因ns紧密连锁的SNP标记的引物，其特征在于：其核苷酸序列如下：
SNPns-01-F：5’-TCACCCTTACTCTAAAAAAGTA-3’；
SNPns-01-R：5’-GCTTTCAACGTGAAAAATGTG-3’；
所述引物扩增的与黄瓜果实多刺基因ns连锁的特征条带的核苷酸序列如Seq ID No.1所示，序列的第23位碱基为T，经RsaI酶切后得到154bp片段；
所述引物扩增的与黄瓜果实少刺基因Ns连锁的特征条带的核苷酸序列如Seq ID No.2所示，序列的第23位碱基为C，经RsaI酶切后得到133bp片段。
2.一种筛选具有果实多刺基因ns的黄瓜种质资源的方法，其特征在于：包括以下步骤：
(1)提取待测样品基因组DNA；
(2)以所述待测样品基因组DNA为模板，以权利要求1所述的引物进行PCR扩增；
(3)对PCR扩增片段进行测序或RsaI酶切；
如果测序结果如Seq ID No.1所示，则果实为多刺性状；如果测序结果如Seq ID No.2所示，则果实为少刺性状；
如果酶切后片段为154bp，则果实为多刺性状；如果酶切后片段为133bp，则果实为少刺性状。
3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于：所述PCR扩增的反应体系为：15ng DNA模板，正向和反向引物各50ng，5μL GoGreen Master Mix，加双蒸水至10μL。
4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于：所述PCR扩增的程序为：94℃预变性4分钟；94℃变性15秒，55℃退火15秒，72℃延伸30秒，35个循环；72℃保温5分钟，16℃保存。
5.根据权利要求2-4任一所述的方法，其特征在于：所述RsaI酶切的体系为：PCR产物3μl，RsaI酶0.2μl，NEB cutsmart buffer 1μl，双蒸水5.8μl；酶切条件为：温度为37℃，酶切时间为2h。
6.用于筛选具有果实多刺性状的黄瓜种质资源的试剂盒，其特征在于：包括粉状或溶液状态的权利要求1所述的引物。
7.根据权利要求6所述的试剂盒，其特征在于，还包括RsaI酶。
8.根据权利要求6或7所述的试剂盒，其特征在于：还包括PCR反应和/或电泳所需的试剂。
9.权利要求6-8任一所述的试剂盒的制备方法，其特征在于：包括合成权利要求1所述的引物并包装为试剂盒的一部分的步骤。
10.根据权利要求9所述的制备方法，其特征在于：还包括组装PCR反应和/或电泳所需的试剂。
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