[发明专利]一种自制探针检测肿瘤11基因的技术

说明书

本发明公开了一种自制探针检测肿瘤11基因的技术，包括如下步骤：扩增肿瘤11基因的目的片段，物理超声随机打断，生物素进行标记，链霉亲和素磁珠纯化，获得的捕获探针对构建好的文库进行捕获，上机测序，生物信息学分析。本发明提出的探针制备方法不仅克服了以往合成探针成本昂贵时间周期长的问题，而且制备方法简单，制备时间周期短，几天即可完成，极大的节约探针合成的时间，这种探针不仅克服了上述合成探针成本过大的问题，而且制备简单，且制备时间很短，几天即可制备完成，极大的节约探针合成的时间，从而解决了现有技术从定制到获得杂交捕获探针往往需要几个月，这不仅增加了制备成本，而且耗费了很多时间的问题。

技术领域

本发明涉及基因技术领域，具体为一种自制探针检测肿瘤11基因的技术。

背景技术

自从2005年，下一代测序（NextGenerationSeqμencing，NGS）技术开始发展以来，在生物医学研究领域得到了越来越广泛的应用。NGS技术相比于传统Sanger测序而言，优势在于其规模大、通量高。在文库构建时或捕获后目标序列扩增阶段均可引入序列标签，从而可实现多样本的平行分析。

目前研究得知，在所有肿瘤中，有90-95％的肿瘤是由复杂的基因、环境共同作用引发的，但仍有5％-10％的是由遗传的变异基因引起。而现在，基因检测通过新一代测序技术同时检测成千上万个基因位点，能够对肿瘤易感性进行预测、对临床治疗进行针对性的指导。我们挑选了针对检测肿瘤相关的十一个基因：ROS1、ALK、RET、KRAS、TP53、ERBB2、PIK3CA、EGFR、MET、BRAF、MAP2K1。运用下一代测序技术对其进行测序分析。为节约成本，首先需用探针对目标区段进行杂交捕获，但是目前市面上常用的杂交捕获探针主要是通过合成的方法，其制备原理主要针对感兴趣的区域设计一定长度的探针序列，每个序列沿着基因位置移动一定距离，然后采用人工合成的方式大量合成上述序列。该方法最大的缺点是成本过于昂贵，由于每次合成的探针不存在小规格型号，每次都需几百次反应起，合成的成本高达几十万元。同时，随着目标区域的增大，探针合成的成本急速上升。这极大的提高了二代测序的成本，不利于二代测序向普通民众普及，以及不利于提高此项测序服务的价格市场竞争力。除成本过于高昂外，该方法还有其它缺点，如制备条件复杂，需要大量专业仪器，提高了探针制备的门槛，使得很多情况下都要从特定供应商处定制购买。从定制到获得杂交捕获探针往往需要几个月，这不仅增加了制备成本，而且耗费了很多的时间，为此，我们提出一种自制探针检测肿瘤11基因的技术。

发明内容

本发明的目的在于提供一种自制探针检测肿瘤11基因的技术，以解决上述背景技术中提出的问题。

为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：一种自制探针检测肿瘤11基因的技术，包括如下步骤：扩增肿瘤11基因的目的片段，物理超声随机打断，生物素进行标记，链霉亲和素磁珠纯化，获得的捕获探针对构建好的文库进行捕获，上机测序，生物信息学分析。

优选的，所述扩增肿瘤11基因时选用67对特异性引物，将肿瘤11基因扩增出来。

优选的，所述物理超声随机打断是采用物理方法将其扩增好的产物超声打断为90-250bp的片段，然后切取100-200bp片段进行胶回收，以获得目的条带。

优选的，所述生物素标记是对目的条带进行生物素标记，进而用链霉亲和素磁珠进行纯化，以获得生物素标记的肿瘤11基因捕获探针。

优选的，所述捕获是用制备好的肿瘤11基因捕获探针对基因组文库进行捕获，并上机测序，进行生物信息学分析。

优选的，所述制备好的探针用于高通量测序中肿瘤11基因进行检测，检测方法包括如下步骤：

（1）提取基因组DNA或血液游离cfDNA；

（2）将提取好的DNA进行随机打断；

（3）利用相关文库构建试剂盒进行文库构建；