[发明专利]抗稻瘟病基因Pid3的InDel分子标记物、检测方法及应用

说明书

本发明公开了一种抗稻瘟病功能基因Pid3的InDel分子标记物，包括InDel分子标记物Pdg‑C，InDel分子标记物Pdg‑C用于从水稻材料中鉴定并筛选出在编码区后1252位碱基处存在一段26bp缺失的功能基因Pid3的水稻材料；26bp缺失序列为：GGATGCGGATGCGGATAGTATGAGGC。通过该功能性分子标记可以准确检测不同水稻品种的基因组中是否含有Pid3功能基因以及其纯合状态，可应用于筛选水稻杂交转育后代植株，提高水稻抗稻瘟病材料的选育效率，获得含Pid3功能基因的抗稻瘟病水稻品种。

技术领域

本发明涉及水稻抗稻瘟病基因筛选领域，特别地，涉及一种抗稻瘟病功能基因Pid3的InDel分子标记物。此外，本发明还涉及一种包括上述抗稻瘟病功能基因Pid3的InDel分子标记物的检测方法及应用。

背景技术

水稻是世界上最重要的粮食作物之一，全世界一半以上的人口以稻米为主食。稻瘟病是影响水稻产量的主要病害，位居真菌病害之首，全球每年因稻瘟病造成的水稻减产达10％～30％，严重时减产达40％～50％，甚至颗粒无收。相较于化学防治稻瘟病，推广含有抗病基因的水稻品种是既经济又环保的。但由于单一抗性基因通常会因为大面积种植，3～5年时间就丧失抗性，因此聚合更多的抗病基因，或者有针对性配置含有对应的抗病基因的水稻品种是目前应对稻瘟病危害的主要手段。

分子标记辅助选择以其简单可靠的操作性，对稻瘟病基因的应用发挥了重要作用。到目前为止，在水稻中已至少报道了68个抗稻瘟病位点共83个主效基因，这些基因成簇地分布于除第3染色体外的所有水稻染色体上，已经克隆的30个左右，主要包括Pib、Pi-ta、Pi9、Piz-t、Pi2、Pid2、Pi36、Pi37、Rbr2、Pik-m、Pi5、Pid3、Pi21、Pit、Pb1、Pish、Pik-p、Pik、Pia、Pi54、Pi25、Pi1、Pi50、Pi54rh，Pigm等(国家水稻数据库中心http://www.ricedata.cn/gene/gene_pi.htm)。

抗稻瘟病基因Pid3最初是通过比较籼稻和粳稻全基因组编码NBS-LRR蛋白基因等位间假基因化差异，利用假基因化标记在地谷中克隆的(Shang J.,et al.Identificationof a new rice blast resistance gene,Pid3,by genomewide comparison of pairednucleotide-binding site--leucine-rich repeat genes and their pseudogenealleles between the two sequenced rice genomes.Genetics,2009,182(4):1303-1311)。随后发现通过图位克隆来自谷梅2号中的Pi25是Pid3的一个等位基因，二者间蛋白序列完全一致(Chen J.et al.A Pid3 allele from rice cultivar Gumei2 confersresistance to Magnaporthe oryzae.Journal of Genetics and Genomics,2011,38(5):209-216)。

目前对于Pid3/Pi25基因编码区已经开发出了相应的CAPS、dCAPS标记、功能性SNP标记，但检测过程相对比较复杂；尽管也开发了基于PCR扩增片段不同大小的分子标记，但这些标记距离Pid3/Pi25基因有一定距离，在群体选择中可能出现分离(董瑞霞等，分子标记辅助选择改良水稻不育系臻达A及其杂交种的稻瘟病抗性.植物遗传资源学报,2017,18(03):573-586)。另外，上述标记都是基于地谷/谷梅2号中Pid3/Pi25和特定水稻材料中相应等位基因序列差异设计，利用这些标记进行辅助选择是准确的，但利用这些标记来进行种质资源中Pid3/Pi25基因筛选可能就不太可靠。

发明内容

本发明提供了一种稻瘟病基因Pid3的InDel分子标记物、检测方法及应用，以解决现有技术中分子标记检测程序复杂，准确率低，成本高，只适用于特定亲本间杂交后代的辅助检测的技术问题。