[发明专利]与猪脂肪沉积相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明涉及一种与猪脂肪沉积相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于猪IRX3基因启动子区转录起始位点上游143bp处，记为g.‑143GA。本发明将IRX3基因作为影响猪脂肪沉积性状的候选基因，采用PCR测序技术获得不同类型猪群体间差异的SNP位点，建立了快速检测方法，在品种间和品种内鉴定SNP位点与猪脂肪沉积能力的相关性，获得了影响猪脂肪沉积性状的SNP位点及基因型。

技术领域

本发明涉及分子生物学领域，具体的，涉及一种与猪脂肪沉积相关的SNP分子标记及其应用。

背景技术

养猪业是我国畜牧业生产的主体组成部分，随着生活水平的提高，人们对猪肉食品的质量需求不断提高，而猪肉品质与肌内脂肪含量呈正相关。如何培育出高瘦肉率、高肌内脂肪沉积的猪品种是当前猪育种工作的研究热点。

我国丰富的猪品质资源为猪育种工作提供了良好的素材，也为研究猪重要经济性状的基因和分子标记提供了良好的材料。藏猪是我国特有的高原型猪种，脂肪沉积和代谢能力强，体小皮薄、肉嫩味美，风味浓郁，肉质细腻、风味独特，素有“高原之珍”的美誉^[1]。滇南小耳猪是云南省西双版纳州小型猪地方品种，具有适应雨林区高温潮湿的生态环境，早熟易肥、皮薄骨细、脂肪含量高、肉质鲜嫩、营养丰富等优点^[2]。从国外引进的大白猪、长白猪等是世界上分布最广的主要瘦肉型猪种之一，生长速度快，瘦肉率高，但肌内脂肪含量不高。

易魁洛蛋白家族成员3(Iroquois-class homeodomain protein， IRX3)，参与调节包括早期胚胎的神经发育等多种生物学过程。脂肪量及肥胖相关蛋白(Fat mass andobesity-associated protein，FTO) 被认为是导致人类肥胖效应最大的基因，又称“肥胖基因”^[3]。Smemo 等于2014年在Nature杂志发表文章指出FTO基因内含子中的一个位点发挥调控元件作用，可增加IRX3表达，促进脂肪的形成，而 FTO基因自身并没有在这一相互影响中发挥作用^[4]。在小鼠上通过基因敲除技术也证实了IRX3基因敲除后对脂肪的沉积具有明显的抑制作用^[4]。IRX3基因对脂肪形成的促进作用在斑马鱼、小鼠、大鼠、人类等中都广泛性存在^[5，6]。

因此有必要对IRX3进行深入的研究，获得不同类型猪群体间 IRX3基因差异的SNP位点，在生产数据的帮助下鉴定脂肪沉积的分子遗传标记位点，并开发分子标记快速检测方法，为进一步研究和了解猪脂肪沉积性状提供帮助。

发明内容

本发明的目的在于提供一种与猪脂肪沉积相关的SNP分子标记及其应用。

本发明的另一目的在于提供检测所述SNP分子标记的PCR扩增引物和内酶切反应试剂盒。

本发明的第三个目的在于提供鉴定猪脂肪沉积性状的方法。

本发明通过对不同类型猪群体基因型进行研究，提供了一种与猪脂肪沉积相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于猪IRX3 基因启动子区转录起始位点上游143bp处，记为g.-143GA。

所述SNP分子标记位于SEQ ID NO.1所示序列的第455bp，碱基为G/A。

进一步地，本发明提供了用于检测所述SNP分子标记的引物对，所述引物对的核苷酸序列为：

正向引物F：5′-GCCAGTGGGAGTTCATTC-3′

反向引物R：5′-TCAGGACAGTGGAGCCTA-3′。

需要说明的是，含有本发明所述引物对的试剂和内酶切反应试剂盒也属于本发明的保护范围。